但是，哲学有真伪。哲学和科学不同。照史宾塞（H. Spencer）的说法，科学为部分的系统知识，而哲学则为整全的系统知识。宇宙万象，绝不是独立的，不是单独为其本身而存在，而乃超越其本身，和整个宇宙及其他事物，有息息相通，不可分离的关系，并且须照创造宇宙万物之造物主的旨意而存在。以是哲学家的任务，和科学家不同，当追溯宇宙万物之根源和目的——那便是创造万有的上帝。故真正的哲学，又必是基督教哲学，乃是以上帝为起点；而宇宙万事，乃是以上帝为依归的整体。因为万物都是本于他，倚靠他，归于他（罗一一36）。
于此，可知哲学真伪之判别，乃是决定于其起点与立场。古希腊物理学家，阿基米德（Archimedes，c. 250B. C.）尝说：「只要给我一个立场，我便能移转乾坤。」（“Give me a fixed point， and I will move the earth．”）语云：「一失足成千古恨」。人类最大的悲剧，乃在始祖一念之差，随从了魔鬼的哲学，以为摘取分别善恶树的果子，便能「如上帝」，「有智慧」（创三4－6）。这乃是非基督教「内在哲学」 （ Immanent Philosophy）的根源。而基督教哲学的起点，乃在我们敬畏上帝的心灵深处。经云：「敬畏耶和华，是智慧的开端；认识至圣者，便是聪明。」（箴九10）「一生的果效，是由心发出。」（箴四23）我们和神的关系——敬爱他，还是悖逆他，乃是决于一心。始祖的犯罪，人类的堕落，乃在违犯上帝的诫命，相信魔鬼的宣传；而我们得救重生，亦端赖圣灵使人心意更新，使人心转离悖逆上帝的道路，皈向基督，与神和好，与神性有分。人心不能中立，它若悖逆不信，便不能重生更新。我们若不决心皈依救主，作新的被拣选的族类，属上帝的子民，必沉沦于旧的灭亡的世界。故基督教哲学的起点，乃在一个悔改皈依，而重生更新的心。唯有这个心，才能接受上帝在基督里的启示。反之，非基督教的「 内在哲学」的起点，乃是在一个背道不信的心，它乃无分于神性，无分于基督，对于上帝的启示，福音的真道，蔑视厌弃，深闭固拒；而唯「神化自我」，在被造物中找寻安息，自我陶醉。「他们虽然知道上帝，却不当作上帝荣耀他，也不感谢他。他们的思念变为虚妄，无知的心就昏暗了。自称为聪明，反成了愚拙。」（罗一21一22）非基督教哲学，虽有各种不同的学派；但它们都是建立在歪曲的宇宙观上，神化被造的现象，甚至否认宇宙和上帝的关系；以是根本不能认识造化的本源，窥测真理的整全。他们的起点，既不在上帝和基督；他们的目标，乃在求人的荣耀和主权。特别自文艺复兴运动，和启蒙运动以后，他们迷信理性，谓人乃有其「无限之完全性」（Infinite Perfectibility）；又复崇拜科学，以为人定胜天，可以主宰世界。此种离神背道的思想，遂使人类文化，成为无根之木，「瓶中之花」，降及今日，遂呈没落解体，分崩离折之险象，复使人类面临空前未有之危机。此非吾人之苛论，即非基督教的学者，如十八世纪的卢梭（Jean Jacques Rousseau），早已有先见之明，为文痛诋。甚至一生反对宗教，迷信科学的箫伯纳（Bernard Shaw），亦承认科学破产，正在导演人类自杀的悲剧。
夫本立而道生；失诸毫厘，谬以千里。非基督教的「内在哲学」之起点与立场，既在人而不在神；不信「敬畏耶和华，是智慧（哲学）的开端」；自不能超越凡俗的境界。它要自立「人极」，以「人为万事的尺度」；它所从人找到的亮光，不是真光，乃是假光，自不能对宇宙人生问题，作正确究极的解答；它妄想「神化被造物」，却不能认识造物主。由是可见「内在哲学」和基督教哲学，起点既各不同，本质亦复异趣，两者根本没有妥协合流的馀地。征诸史实，自来所有这种妥协合流的企图，非但无益，而且有害。例如，在初期教会，便有游斯丁（Justin Martyr），想和斯多噶派（Stoics）妥协；后来俄利根（Origen）、居伯良（Cyprian）又想和新柏拉图派调和。到了中世纪时代，这种合流的企图，益趋强化，经院学派，想谋天启和人智的调和，要用哲学的理论，证明教会的信仰和人间的悟性，并不冲突，这乃助长了后来人文主义的气焰。到了改教运动，始把基督教哲学和「内在哲学」的界线，加以划分。前者乃本诸神的启示，以圣道为圭臬；后者乃出自人的经验，以理性为权威；二者不能有妥协的可能。马丁路德，乃袭渥肯（William Occam）之说，仅就「自然」（Nature）与「恩典」（Grace），理性与信仰，加以判别，尚未彻底。? 佣脑蚯康髦饕沼型吃ν蚴碌娜埽闹家猓苏乒苋死嗳娴纳钣胨枷耄桓匆允ゾ竦牡溃死嗫蒲枷耄蓖耆允ゾ迹獠诺於嘶浇陶苎У母２恍遥搅说芽ǘ浇苎е福顺缟欣硇裕票∩裱В涣ε糯车木伤担揭磺醒剩鹱曰骋桑徽嬲叮氪幼晕依硇灾星笾蝗四酥魅ㄕ撸氚谕焉裱枷氲氖俊Ｒ院蠛懦菩律裱П亲娴氖├陈砗眨‵riedrich Ernst Daniel Schleiermacher）又想证明真正科学哲学的道理，可与基督教神学和真正宗教，互相协调，并行不悖。但结果他那一套牵强附会的理论，却遭到当时德国学者一致的攻击。一方面，正统派神学家攻击施氏妄以哲学取代基督教的真理。一方面，哲学家也讥讽他既不忠于哲学，也不忠于他的宗教。甚至敬仰他的史脱劳司氏（D. F. Strauss），也攻击施氏，说他初则把哲学出卖给神学，继则把神学出卖给哲学。可惜今之新派学者，不知引为鉴戒，仍蹈施氏覆辙，且复变本加厉，自丧信守，自毁立场，不惜使基督圣道和凡俗宗教哲学乃至异端邪说相妥协，美其名曰适应时代的需要。