圣经（创二7）指示我们：「耶和华上帝用地上的尘土造人，将生气吹在他鼻孔里，他就成了有灵的活人」。照这节经文，人乃含有两大不同的本质——身体与灵魂，一为物质的，一为非物质的；一为肉体的，一为属灵的。于此可知：（一）人类的灵魂，乃是一种实质；（二）这个实质乃与身体有别。所以人的本性乃含有两种不同的实质，一为身体，一为灵魂。
这个实质乃存于每一个人的意识里面，乃是普天下的人所共俱的。我们都会意识到我们的思想，感觉以及意欲。我们也知道这些乃是时时改变的，但是有些却是始终不变的，乃是昔在、今在、以后永在的。所以灵魂不是仅仅一连串的作为，也不是上帝生命浮表的形式，也并非没有实质的抽象的力量，而乃为真切的实质。每一作为乃是有本质的，凡是不实在的，乃等于零，乃是毫无能力的，不能产生果效的。所以人的灵魂，乃是有真髓的，有实质的，乃是各种不同情态与作为所应归附的主体。心与物乃是两种不同的实体；心不是物质的，物不是属灵的。二者不容混淆，此应为人所共喻。此乃出于上帝的创造，圣经里面，乃有明确的教训。
圣经虽非心理学，但却富于有关人类肉体与心灵素质的真理。我们藉着圣经，可知灵魂乃是一个实质，乃为不同于躯体的实质。构成人类的本质，只有两种要素，并无两种以上的要素。兹分述之：
圣经里面到处都指示我们灵魂与肉体的分别。在上帝造人最初的记载中，便把二者分别清楚，上帝用地上的尘土造人的身体，而灵魂（人生的命脉），则为从上帝吹入的生气（创二7）。创世记第三章十九节说：「你是从土而出的；你本是尘土，仍要归于尘土。」只有身体是由尘土所造，所以只有身体归于尘土。传道书第十二章七节说：「尘土仍归于地，灵仍归于赐灵的上帝」。但以理书第七章十五节说：「我的灵在我的身体里面愁烦（查中文圣经未将「的身体」译出）。」马太福音第六章二十五节说：「我（主）告诉你们，不要为生命忧虑……为身体忧虑」；第十章二十八节说：「那杀身体不能杀灵魂的，不要怕他们；惟有能把身体和灵魂都灭在地狱里的，正要怕他。」凡此乃是在圣经里面，常常讲述的。身体与灵魂，乃是两种不同的本质，两者合起来便构成全人。
还有一类的经文，乃把身体比作外衣，是可以脱下的，或以之比帐棚或房屋，乃是灵魂的居所，或可以舍弃，或可加保留。保罗有好几次说，不知他在身内或身外（林后一二2）。彼得说：「我以为应当趁我还在这帐棚的时候提醒你们，激发你们；因为知道我脱离这帐棚的时候快到了，正如我们主耶稣基督所指示我的。」（彼后一13、14）保罗在哥林多后书第五章一至四节说：「我们原知道，我们这地上的帐棚若拆毁了，必得上帝所造，不是人手所造，在天上永存的房屋。我们在这帐棚里叹息，深想得那天上来的房屋，好像穿上衣服。……好叫这必死的被生命吞灭了。」他又在腓立比书一章二十一至二十四节说：「因我活着就是基督，我死了就有益处。但我在肉身活着，若成就我工夫的果子，我就不知道该挑选什么。我正在两难之间，情愿离世与基督同在，因为这是好得无比的；然而，我在肉身活着，为你们更是要紧的。」
灵魂在人死了以后，仍能存在，且能作为，这乃是世界人类所共信，也是圣经明白启示的道理以及普世教会信仰的一部分。既然如此，则身体与灵魂，乃是显然不同的两个不同的实质。身体可使拆毁，变为尘土，可使消散；但是灵魂在人死后乃仍有意识，仍是存在，仍能作为。这在旧约里面，已有这种说法，人死以后，他的灵魂，就住在阴间（Sheol），且能时时出现，例如撒母耳向扫罗显现。主耶稣说，上帝不是死人的上帝，乃是活人的上帝；他宣称上帝乃是亚伯拉罕、以撒和雅各的上帝；这可证亚伯拉罕、以撒和雅各现在还是活着的。当「主耶稣带着彼得、雅各、和雅各的弟兄约翰，暗暗的上了高山；就在他们面前变了形像，脸面明亮如日头，衣裳洁白如光。忽然，有摩西。以利亚向他们显现，同耶稣说话」（太一七1－3）。主耶稣被钉十字架的时候，对那在十字架上垂死的强盗说：「今日你要同我在乐园里了。」（路二三43）上文说保罗情愿离世与基督同在，可见他肉身离世以后，他仍要继续活着。基督教会都相信，在人死了以后和其复活之间，他们灵魂仍是完全知道他是继续存在的，这便可证灵魂与身体乃是不同的实质，而灵魂乃能离开身体而继续存在。