从五旬节那日起，圣灵便以教会作他的身体，这虽是奥秘，却乃是真实的。此虽然与三位一体的第二位，主耶稣基督，「道成了肉身，住在我们中间」（约一14），不能等量齐观。圣灵和教会的联合，其情况乃不是完善的；可是照圣经所说，圣灵乃住在忠实的信徒里面，「随从圣灵的人，体贴圣灵的事；……体贴圣灵的乃是生命平安；……如果上帝的灵住在你们心里，你们就不属肉体，乃属圣灵了。」（罗八5～9）当初门徒对主耶稣基督敬服顺从，我们现在对圣灵也当如此。因为圣灵乃是主真正的代表（Vicar），他乃是无形的主耶稣基督，乃与信徒们同在。当第一次耶路撒冷会议之时，在记录中说，圣灵和我们同在乃几如彼得，雅各，巴拿巴，扫罗和我们同在一样。
当亚拿尼亚同他的妻子撒非喇，把银价私自留下几分，……其余的几分拿来放在使徒脚前，「彼得说：『亚拿尼亚！为什么撒但充满了你的心，叫你欺哄圣灵，把田地的价银私自留下几分呢？……你怎么心里起这意念呢？你不是欺哄人，是欺哄上帝了。』亚拿尼亚听见这话，就仆倒，断了气；听见的人都甚惧怕。」（徒五1～5）这使我们看到，圣灵不但亲自和聚会的信徒们同在，而且还是他们的权威和主宰，是会议的中心。「教会乃是主耶稣的化身。」我们这个概念，乃是我们参比基督与教会各种特质而得来的。主耶稣基督指称他的身体为殿，曾激起了犹太人的辱骂愤怒。但是他所说的，不是象征的，乃是真实的。约翰福音第一章第十四节说，「道成了肉身，住在我们中间」，这住在中间一词，原文乃为（Tabernacle），乃为神与人住的地方，而殿乃是上帝居住的所在，正如上帝赐恩宝座上面的荣光（the Shechinah），此乃为上帝临在显现的异象。所以我们的恩主从至圣所发出上帝的荣光，「正是父独生子的荣光」，「充充满满的有恩典有真理」（约一14）。证明他乃是那至高者真实的宝殿。
在主耶稣升天，差遣圣灵降世以后，教会就成为上帝的殿。哥林多前书第六章第十九节说：「岂不知你们的身子就是圣灵的殿么？这圣灵是从上帝而来，住在你们里头的……。」以弗所书第二章第二十至二十二说：「你们……并且被建造在使徒和先知的根基上，有基督耶稣自己为房角石；各房靠他联络得合式，渐渐成为主的圣殿。你们也靠他同被建造，成为上帝藉着圣灵居住的所在。」奥秘的身体乃和教会之首一样，均各被圣灵居住；因此，在某种意义上，上帝乃成为两者的化身。基督乃是「上帝荣耀所发的光辉」，乃「是人未曾看见，也是不能看见的」，「上帝本体的真像」（参来一3；提前六16）。所以他「成了肉身」以后，可以对人说，「人看见了我，就是看见了父。」（约一四9）除了主耶稣成了肉身以外，没有别的方法，可以使人不知道的上帝成为可知的；使人所不能看见的上帝成为可见的。所以当主耶稣基督升天，回到他父那里去的时候，世人不能再看到他，他就差遣保惠师，使他化身为奥秘的身体，就是教会。正如天父藉着圣子显现他自己；所以圣子也由圣灵藉着教会显现他自己；正如基督是不能看见的上帝之真像，所以教会就被命定成为不能看见的基督的形像；而他的肢体，和他同得荣耀以后，就要作他本体的形像。
这乃是一个时代的奥秘和荣耀；但虽属奥秘，却是完全真实的；虽是荣耀，却又完全实际的。圣灵的工作，在旧约时代乃和新约不同。在旧约时代，圣灵虽在信徒身上施展他的作为，但其本身，并未住在信徒里面；他仅向人显现，并不永远常在他们里面。他的作为乃是间断的，他来来去去，正如挪亚从方舟里放出去的鸽子一样，乃是飞来飞去，没有找到安息的地方。但在新约时代，他就住定下来，常在人的心里面；他成了鸽子那样的标记，当主「耶稣受了浸，随即从水里上来。天忽然为他开了，……上帝的灵，仿佛鸽子降下，落在他身上，……」（太三15、16）好似订婚的人，圣灵仿佛去探访他许配的人，但并未和她同在。要主耶稣基督进了荣耀之境，到了五旬节，最后始举行结婚典礼，住在一起。