「起初上帝创造天地。地是空虚混沌，渊面黑暗；上帝的灵运行在水面上。」（创一1、2）
什么是圣灵有别于圣父和圣子的工作，我们首须加以明辨。
这并非说每一位基督信徒对于这些不同的特点都必须完全知道，因为信心的存在，并不是以理智的明辨为基础。我们主要的问题，并不是在头脑里能够深知圣父与圣子圣灵工作的不同，而乃在切身体验他们恩工的运行。我们须务其「本」，不可仅知其「名」。
但是这又绝不是说，我们对于这些神圣之事，可以不求甚解，视为无关宏旨，无足轻重。也绝不是以为这些重大的事乃是皮毛的，我们大可不必钻牛角尖；也不是拘泥小节，或小题大做，作无为的论辩，斤斤于细微末节。人类当运行他们的心力，探究每一部人生的问题。许多科学家用其毕生之力穷究草木昆虫，而且无微不至，引此为荣，且把每一器官，详细推究，定出许多专门名词。即在我们中国的《辞源》、《辞海》里面，那时并无现在的所谓动物学，植物学，昆虫学各种课程，但是其中所有关于动植物的专门名词，其数之繁多，乃不可胜数，诚令人惊异，此当由于上帝对于我国先祖之「普通启示」（general revelation）。中外学者这样的穷究精研，绝非浪费心力，钻牛角尖，斤斤于细微末节，而乃为科学的研究。因为如不深思明辨，穷究精研，就不能有真知灼见；没有真知灼见，则对于其研究的学科就不能有深彻的心得。则我们对于耶和华上帝，创造天地万物的主，自当比对其被造之物的研究，更应集中心力加以穷究。
我们对其他门类的学科，既须深思明辨，则对于上帝的认识自更应求其精确深入，不可仅仅略知梗概，就浅尝即止，庶免一知半解，混淆真道。何况上帝藉着普通启示，赐给我们知识，使我们能够认识上帝。他又藉着特殊启示，更赐给我们他的话语，就是圣经，他的话又启发我们，光照我们，「赐人智慧和启示的灵，……使我们真知道他，并且照明我们心中的眼睛」（参弗一17、18），使我们能够知道上帝的奥秘，他的属性，和他的完善，他的德性，以及他存在的样式。我们如果妄求，要想参透那没有启示我们的奥秘，固属狂妄，一个敬畏上帝的虔诚圣徒当不应如此。但藉上帝的恩典与启示，却可以白白得着关于上帝深奥之事的知识。
准斯而论，关于圣灵有别于圣父圣子的工作之明辨，乃是正当的，而且必须的；并非咬文嚼字，斤斤细微末节。
但是关于这个问题，许多上帝的儿女，乃有各种混淆不清的见解，这是很可叹息的。他们不能分辨圣父，圣子和圣灵的工作。虽然圣灵乃特别指称是保惠师，但是他们大都只向圣父圣子求安慰，他们却不能讲保惠师的意义，也不能讲为什么圣灵要特别称为保惠师。
早期的教会深感明确分辨圣灵工作的需要，上帝所赐给教会的大思想家和基督教哲学家，尤其是东方教父，他们竭尽他们的心力，来研究这个问题。他们非常清楚了悟，除非教会知道了圣父，圣子和圣灵的分别，则他们对三一真神信仰的表白，等于空口说白话。他们为着教会逼切的需要，就致力于圣灵工作与圣父、圣子工作不同的研究。尤以教会因为异端邪说的纷争，大受困扰，就激起他们的心志，研究上帝的话语。
所以我们并非首倡研究圣灵的工作，我们仅是把先贤著作历代的光辉，继续向教会发射，重新透进窗户，从而使他们更深切了悟圣灵的奥秘，增加教会内在的力量。
先从其一般的分别说，每一样工作乃受圣父，圣子，和圣灵共同的影响；但是使力量产生的，乃是圣父；使力量运行的，乃是圣子；使力量成全的，乃是圣灵。
哥林多前书第八章第六节清楚教训我们，「……我们只有一位上帝，就是父，万物都本于他，我们也归于他；并有一位主，就是耶稣基督，万物都是藉着他有的。」在此有两个前置词：「本于」（of whom）和「藉着」（by whom）。在罗马书十一章第三十六节又加一个前置词「……万有都是本于他，倚靠他，归于他」（For of Him，and through Him and to Him are all thing）。
于此可知，上帝的工作，乃是三重的，第一万有乃都从他而来，都「本于他」；万有乃靠他而立，都「倚靠他」；万有乃靠他达成其最后的目的，都「归于他」。自第五世纪以后，教会里伟大的先师，他们本此道理，把三一真神里三个位格的工作，加以明辨，说万有乃由圣父得到根源；万有乃由圣子得以建立；万有乃由圣灵达成最后的目的。
这些头脑清楚的思想家传讲上帝工作的分别，乃是和他的位格（多数）一致的。天父上帝就是「父」，由他生「圣子」；而「圣灵」乃是由圣父，圣子而出。所以第一位格圣父的特征乃是很显明，他不但是物质的天地万物之根源，而且还是过去，现在和将来直到永远的万有所从出。第二位格圣子的特征，乃与圣父不同，他虽「在一切被造的以先」，「在万有之先」；但从他和圣父的关系而说，他乃「是首生的」（参西一15～17）「耶和华曾对我说：『你是我的儿子，我今日生你。』」（诗二7）他乃是由天父所生的「子」。既然万有乃从圣父而出，自然不能从圣子而出，万有的根源并非在圣子。但是他既「在一切被造的以先。因为万有都是靠他造的，无论是天上的，地上的；能看见的，不能看见的；或是有位的，主治的，执政的，掌权的；一概都是藉着他造的，又是为他造的。他在万有之先；万有也靠他而立。」（西一15～17）可见万有虽非由圣子所造却「藉着他造」，「也靠他而立」。而圣灵虽非单独由他而出，但乃是由圣父圣子而出。这乃是因为圣子和圣父乃是同质的。
圣经教训我们，圣父乃是藉着圣子创造万有，离开了圣子，就没有被造之物。除了上文所引的歌罗西书一章十七节以外，希伯来书一章二、三节更清楚的说，「就在这末世，藉着他儿子晓谕我们，又早已立他为承受万有的，也曾藉着他创造诸世界。他是上帝荣耀所发的光辉，是上帝本体的真像，常用他权能的命令托住万有，他洗净了人的罪，就坐在高天至大者的右边。」这乃指示我们，万有存在的本质，乃是由天父而来，他乃是万有的泉源；但是要把万有的成分来形成、组合，与精详擘画，乃为圣子特有的工作。
譬如一个君王要建筑宫殿，这乃非仅仅需要材料。人工与计划；而且还要把材料依照计划，加以组合运用。君王供应材料，拟定计划，而建筑师就要依照计划，建成宫殿。到底是谁建成的呢？既非君王，亦非单是建筑师，而乃为建筑师从君王的财宝中建造的。
此乃就人间的事例，来比拟上帝的工作，虽说比拟不伦，亦聊可藉此略窥上帝工作的一斑。藉着君王与建筑师的关系，来推想圣父和圣子的关系。在创造天地万物之时，乃有两种作为：其一是成因的（Causative），此乃供应材料，力量和计划；其二是构成的（Constructive），此乃运用这些力量，照所定的计划把材料加以整理组合。前者乃是由圣父，后者乃是由圣子；圣子乃是遵照圣父的旨意建造天地万物。所以经云：「万有也靠他而立」，「藉着他造」。（西一16、17）倘使圣父和圣子是独立存在的，那就不能有这种合作，完成削世的大业。但是圣子既然是圣父所生的，因为「爱子是那不能看见之上帝的像，是首生的」（西一15），「是上帝荣耀所发的光辉，是上帝本体的真像」（来一3）；则在「上帝的本体」（Being）里面，乃是不能有区分间隔的，乃仅有位格的不同而已。
这乃完全出于上帝的大能大智，但这创世的大工，尚未完全成就。被造之物不是造了以后成为一种装饰的璧龛，是放在宇宙间的雕像。创世记二章三节，照一般的经文乃说，「到第七日，上帝造物的工已经完毕，就在第七日歇了他一切的工，安息了。」但照荷兰文的译本说，「……上帝在第七日歇了他一切的工，以备使其臻于完善。」这样乃是要引领他被造之物到达最后的目标，使他们照其本性继续发展，以期完善，此乃三位一体里的圣灵上帝所特有的神圣伟大的奇工。
所以我们在本书开宗明义的首章，特别指出，此乃论及上帝和世人心灵深处最大的奥秘，实为一种非常微妙，神圣的奥秘，不易用文字语言完全阐明的，因此必须加以审慎的研讨。