整个教会的行政部应交在圣灵的手中。由于圣灵的掌管统治，教会有形的行政工作，就变成无形的，这才会将「为教会作万有之首」的道理真正实现出来。圣灵乃真是基督的代表（“The Vicar of Christ”教皇僭妄，高抬自己，以此自称号曰「天主」，自比圣灵，无啻列于「三位」之中，使圣灵无地自容，岂非渎冒上帝，大逆不道）。人类在永生全能上帝面前，乃是必死的；卑微不足道的，何能僭称此名。一位神的仆人如果忠心事奉主，或者可说是圣灵所派的代理人，因为他们乃是在圣灵监护之下，处理教会的事工。使徒保罗对以弗所教会的长老说：「圣灵立你们作全群的监督，你们就当为自己谨慎，也为全群谨慎，牧养上帝的教会，就是他用自己血所买来的。」（徒二○28）照使徒行传所说，最初差派宣教士的，乃是圣灵，「他们事奉主，禁食的时候，圣灵说：『要为我分派巴拿巴和扫罗，去作我召他们所作的工。』于是禁食祷告，按手在他们头上，就打发他们去了。他们既被圣灵差遣，就下到西流基，从那里坐船往居比路去。」（徒一三2～4）当初使徒们在决定他们宣道事工方针的时候，可说乃都随从圣灵的旨意。他们并非依靠自己的聪明智慧，也不因左思右想，就偏离他的引导；而乃多方祈祷，审慎研讨，始行明白圣灵的心意；于是全心顺从，不再忧疑顾忌；勇往直前，义无反顾。
倘使不信靠，或是漠视统率她的圣灵，则教会势必依附软弱的血肉的膀臂，从而和国家结合，倾向世俗，建立一个强有力的教会制度，仿照政治的模式，妄想变成一个属世的国度。她为求防止纷扰，维持秩序，就用外面的力量加以辖制；而不信靠内在的圣灵之大能。其结果就使上帝的教会，基督的身体，圣灵的生命的机体，变成一个用属世力量统制的教会的机关。为求防止混乱，竟不惜摧残教会的生命。主耶稣说，为要「赚得全世界，赔上自己的生命，有什么益处呢？」（太一六26）岂非愚不可及。
教会属灵的地位，乃是决于她和圣灵的关系。须视其是否有圣灵住在里面；又须视其是否听到上帝的「话语」（The Word）以及他在心灵里面所讲所发的呼声；又须视其是否照他的观点来衡量万事；又须视其是否承认他有最高的权威；又须视其是否服在他的监护之下；又须视其是否寻求和随从他的引导；又须视其是否谨守承认他乃教会之首的权柄；又须视其是否乐意作他所吩咐的事；还须视其是否万事顺从圣灵最高的旨意。倘使一个教会对于上列许多考验的问题，站立不住；徒凭他自己的智慧才能，治理教会，而不受圣灵的统治，作他的总裁，这种所谓教会，就不能称为真正「基督的身体」。