三位一体论，乃是常令困惑的奥秘，教会先贤企图用人的智慧制订教义，致常违反经义，偏离正道。
主耶稣时代的犹太人，乃是强调上帝的独一性，这种思想，一直影响后人，以致否认上帝有不同的位格，否认三位一体中第二第三位的神性。特土良（Tertu11ian）乃是最先用「三位一体」（ Trinity）一词的教父，但他所制订的教义，甚不健全，他倡「从属论」（subordination），圣子圣灵对圣父的地位，乃是从属的，不是平等的。俄利根（Origen）袭承其说，且变本加厉，他说圣子在本质上对圣父是从属的；而圣灵又是从属圣子的。他降低了圣子圣灵的地位，除去了他们的神性。这种学说遂成为亚流派（Arians）异端的厉阶，不仅否认圣子圣灵的神性，并且说圣子乃是圣父最初的被造物，而圣灵乃为圣子最初的被造物。这样便否认圣子圣灵和圣父的平等性，而不是和圣父同体、同质、同性的。亚流派仍是维持三一论，但是到了主宰论派（Monarchianism ），乃更变本加厉，其激烈者（Dynamic monarchianism），认为主耶稣基督，仅是一个人，惟以其性质优越，致其有神的名位；至于圣灵，则仅有一种神圣的感力。其主变形说者（Modalisticmonarchianism），则以为圣父、圣子、圣灵仅为神三种变化和显现的形态。另有一派，甚至不知三位的合一性，而陷入「三神论」 （Tritheism）的异端。例如反对卡西敦（Cha1cedon）正统教义，否认主耶稣神性的「一性论」异端（Monophvpsiks），如阿斯孔耐祺（ John Ascunages）和斐罗朋纳斯（John Phi1oponus）以及中古时期的名目论派（Nominalist一称唯名论派），如洛色林（Roncelinus），都有同样的错误。洛氏认为三位论的神，仅为一个名目，没有所谓神的实体。此说违背正统教义，大遭教会的谴责。一○九二年索亚逊（Soisson）宗法大会，判定洛氏应放弃他的异端。
查尼西亚（Nicea）教义大会于三二五年宣告圣子乃和圣父同质，教会制订三位一体的教义；在三八一年君士坦丁堡教义大会又宣称圣灵的神性。圣父、圣子、圣灵乃彼此相关，同为一体，圣子出自圣父；圣灵乃出自圣父圣子。在东方教会的大马色约翰（John of Damascus）虽倡三位一体论，但乃有「从属论」的成分，奥古斯丁在其名著《三一论》（De Trinitate）中，便把其说完全纠正。
三位一体论，在改教运动以后，没有重大的发展，但关于这个基本教义，却一再发生许多异端邪说。例如阿敏念派（Arminians），以及伊比哥标（Episcopius）、寇西劳（Curcel1aeus）、林鲍（Limborgh）又重振「从属论」（Subordination），认为圣父在地位上，尊严上以及权力上，乃比圣子圣灵，更为崇高。英国的克拉克（Samuel Clarke）以及路德宗的神学家甘尼斯（Kanis）等也有同样的见解。附和此种说法的还有撒伯流（Sabellius）的变形说（Modalism），以及瑞典堡（Samuel Swedenborg）等各种谬论。瑞氏原为著名科学家，后忽弃其所学，研究宗教，自命曾经过一种神秘的方式，受神呼召，得到上帝特别的启示，得窥上帝圣道的奥秘；认为当时的教会，都已失败，都不明圣经的真理，从而创立一种「新耶路撒冷教会」（Church of New Jerusalem）。他认为上帝不仅是一种本质（essence），又复有其形相（form）。这个形相便是人，所以上帝乃为「永在的神一人」。他反对「三位一体」论，误以为这乃为「三位上帝论」（Tritheism）。他认为上帝只有一位，圣父、圣子、圣灵，犹如人之有身体与灵魂。从他神性说，乃是圣父；从其人性说，乃是圣子；而圣灵仅为圣父圣子所发的功能和感力。此外还有黑恪儿（Hegel），他认为圣父乃是上帝本身；圣子乃是上帝具体化；圣灵乃是上帝回到他自己里面。又有施莱玛赫（Friedrich E. D. Schleiermacher），他反对三位一体论，认为圣父乃是宇宙万物中的上帝；圣子乃是在人里面成了人的样式的上帝；圣灵乃是在教会里面的上帝。还有苏西尼（Laelius Socinus），他虽认主耶稣有超凡的特性，但却否认他的神性，他乃承袭亚流派异端；他认为神体只有一位，主耶稣乃是人，不是神，圣灵仅是一种感动的力量。苏西尼派乃是神体一位论派（Unitarians）和现代自由神学家的先驱，他们视主耶稣仅是一位神圣的教师。以后有些学者以为传统的三位一体论乃是虚幻难测，不可理解，于是史都阿德（Moses Stuart）、亚力山大（W. L. Alexander）和勃朗氏（W. A. Brown）等，便倡导一种所谓「实用的三位一体论」（ Economic Trinitv ），从救赎工作和人的经验来把他阐明。有一段时间三位一体论的教义，趋于消沉，学者特别重视上帝位格的论辩。尤其是白鲁纳（Brunner）和巴雨德（Karl Barth），他们把这个问题和启示一并检讨。他们认为圣父是启示者（revealer）；圣子是启示（revelation）；圣灵乃是启示的内容（revealedness一content of the reve1ation）。上帝和他的启示乃是相同的。
关于三位一体论，兹分以下各点，加以论列：（1）圣经启示三位一体；（2）三种位格是分殊的；（3）三种位格是永恒的；（4）三种位格是合一的；（5）三种位格是同等的；（6）三位一体是奥秘的。