教会为求加强彼此的关系，如果发现教会信仰与行为偏离圣经，在这种情况之下，教会在她对基督的责任上，就当要求她的姊妹教会纠正其错误，甚且撤消彼此的关系，不可貌合神离；但是等到那偏离正道的教会，完全归正以后，仍当恢复原有的关系。关于这事，那适用于个人的律法，也可应用于教会。
新约教会的体制，乃是集合的（Congregational），不是独立的，所以教会独立应有其限度，不可我行我素，有我无人；而应相依相助，「彼此相顾」（参林前一二25）。每一教会因有其应负的责任，要持守真道，并善尽其责；但也应承认别的教会也有圣灵住在里面，正如住在自己里面一样。教会公共的意见，必示其合乎圣灵的心意，始有其价值。虽然使徒保罗在安提阿，但是安提阿教会仍是征求耶路撒冷教会的意见。虽然没有教会或是教会的协会对于任何单独的教会能有合法的管辖权；但是倘使宗教会议受到呼召与指定，当对其发生道义上的感力。他们的决议，乃为一种真理的指针，若无重大的理由，教会便不应漠视或拒绝遵行。
台克斯德（Dexter）在其所著《公理会主义》一书中主张，独立与相依，应加兼顾。司各脱氏（Charles S. Scott）说：「浸信会和公理会的分别，乃在教会会议相对的权能。公理会主义，乃可说是一种会议主义（Councilism）。不但按立牧师及其初次就任须得会议的指教与许可，而且以后每一须待抉择之事，也须征求意见与许可。」浸信会却认为牧师按立以后，仍须这样仰赖会议，乃是过于极端而欠允当。
教会对教会会议的决议，乃总是有权与正当理由，先加精察，然后决定究竟应否接纳或拒绝，这乃丝毫没有离开其原有的独立的主权。但是，教会会议虽仅是教会一种协助的顾问机构，如果漠视其意见或劝告，则其结果，将犯一种对教会道义上的错误，可能使其所代表的教会和其他教会，脱离其宗派的关系与团契。教会与教会之间的关系，乃是和圣徒与圣徒之间的关系相似的。在他们中间，乃不容干涉对方之事，要彼此尊重敬爱；但是倘使发生严重的事件，则亦当对那教会提供意见。这乃出于善意，也为表示真诚相爱与关切之心。
赖德福氏（Lightfoot）说：罗马主教革利免（Clement）的信，并非从他发出，乃为罗马教会给哥林多人劝请他们和好的信。不是教宗也不是主教，乃为全体会友对哥林多姊妹教会提供他们的意见。在主前九十五年，公理会主义认为那是他们一种责任，要帮那偏离正道或偏离正道之危险的姊妹教会。首要的职务（Primacy）乃是教会的，不是主教的，这首要的职务，乃是为仁慈良善。这样弟兄相爱的团契关系，乃是从「地方教会乃为普世教会的化身」之基本观念而来。柏尔克氏（Park）说：「照公理会主义，众教会乃自愿合作，互相契合。教会独立主义（Independency）则不然，独立派教会牧师按立或免职，都不征求其他教会的意见。」
照这一般的原则，倘使教会里面各部分发生严重的争论，那被邀请加以劝告的会议，必须是双方同意的。牧师不可把他自己关在自己教会之内，而须和其他牧师和其他教会之间养成一种友好的关系。对于各种会议——自己宗派的全国会议，周年纪念大会等……，应当亲自参加。他关怀他人的福利，爱人如己，舍己为人的嘉范德行，也能感召他教会的会众。使徒保罗募集捐款，救苦济难的圣范，我们当加效法。
教会独立的原则，不仅须与圣徒合作的精神相一致，而尤应在基督之下和其他教会互相精诚合作。在这种精神之下，就能使教会不致侵占其他教会范围之事，也不会利用其他教会的会友；且更能发展新的计划，组织各种社会的与宣道的机构，并促进通力合作的精神。魏兰校长（President Wayland）说：「凡是对任何人，对任何事，都感不满的人，就是最好的证据，他乃是一个性情乖僻，不能合作的人。」这个道理，不但适用于个人，且又适用于教会。每一个教会应当切记，她虽有主耶稣基督住在里面而引以为荣，但这乃仅为构成那伟大身体的一部分。「教会是『主耶稣基督』的身体，是那充满万有者所充满的。」他「又将万有服在他的脚下，使他为教会作万有之首。」（参弗一22一23）教会有了这个观念，方能加强教会之间的关系。