改正宗教会治理的特征乃为一种「教会会议」（ecclesiastical assemblies）制度。他们有「主教法庭」（Consistory，Session），有「长老监督会」 （Classis），有「宗教会议」（Synod），有时还有联合大会。「长老法庭」乃包含牧师（或几位牧师）和地方教会的长老们。「长老监督会」则为某地区的教会，由每教会推一位牧师和一位长老所组成。长老会与改正宗教会乃稍有不同。他们的「教务评议会」 （Presbytery），乃由其所辖地区之内所有的教牧以及每一教会各一位长老所组成。「宗教会议」乃由每一「长老监督会」或每一「教务评议会」同等数目的教牧与长老所组成。至于「联合大会」则由每一「教务评议会」的教牧与长老中同等数目代表所组成。
1．地方教会之代表治理——改正宗教会与其他教会乃有所不同。一方面，乃不同那些教会以治理之权放在一位高级教士或首席长老手中；另一方面，又不同那些教会把治理之权由一般会众掌管。他们既不信由一人治会——无论其为长老、牧师或主教；但也不信大众的统治。因此他们拣选治会长老们作他们的代表，再由这些长老与牧师（或牧师们）组成一个委员会来治理教会。使徒们当他们按立那些创立教会的长老之时，很可能乃是依照大家崇尚的惯例，由长老们治理教会，而非由任何直接的诚命。照使徒行传十一章三十节所说：耶路撒冷的教会乃有长老。照使徒行传十四章二十二节，保罗和巴拿巴在他们第一次周行宣道时所建立的教会里，按立了长老。照使徒行传二十章十七节以及腓立比书一章一节，可知长老们在以弗所和腓立比教会，都在施展他们的工作。保罗在提摩太前书三章一至二节与提多书一章五、七节又再三讲到长老「监督」。我们须加注意在哥林多前书十二章二十八节；提摩太前书五章十七节；希伯来书十三章七、十七、二十四节；彼得前书二章一节，其中长老一名乃都用复数。长老们乃由会众拣选，都是才能胜任治理教会之人。从使徒行传一章二十一至二十六节，六章一至六节，十? 恼露诶纯矗嶂谠谘【俚氖律希加τ腥ū硎舅堑囊饧Ｓ扔薪撸勇硖Ｒ羰率沤冢辉己哺Ｒ舳露炼冢皇雇叫写徽露闹炼冢露私冢桓缌侄嗲笆槭露私冢灰愿ニ樗恼率恢潦冢幌２词槭率呓冢庑┚睦纯矗挚扇分四酥髑鬃陨枇⒄庑┲位嶂耍⑶腋秤杷潜匦璧娜ūＫ曰嶂诘难【伲的硕灾髂谠诘暮粽僖恢滞庠诘娜分ぁ８创危だ厦撬湎祷嶂诘拇恚撬堑娜ㄍ⒎谴踊嶂冢舜又鞫础Ｋ切惺┲卫砩系壑抑ǎ耸欠罹踔ッΦ倍运褐苯拥脑鹑巍?/p>
2．地方教会之相对自治——改正宗教会的治理，承认地方教会的自治，乃有几方面的意义：
（1）每一地方教会乃为一个完全的基督的教会，具备治会所需一切的条件，乃绝对无需任何外在的管治辖制他。而且这种辖制乃绝对违反地方为教会的本质。
(2 ) 虽然他们彼此接近的教会可以互相合拼，但是这种结合，乃无伤地方教会的自治。大会之权并非更高，此权乃属于长老法庭（Consistory）。
（3）最高宗教裁判会议的权威和特权，不容威凌地方教会之上；无论在任何情况之下，也不得干涉地方教会内部的事务。
（4）地方教会和其他教会合拼以后，则在其与其他教会的关系以及全体的利益上，他们的自治权就应有其限度。他们教会的条例等于他们的宪章。一方面保护地方教会的权能与利益，一方面维护联合教会共同的权能与利益。没有一个单独的教会可以漠视共同的协议和利益。
1．全体大会之圣经根据——圣经没有讲到或明确的命令某区的地方教会要组织一个有机的联合大会；亦未给我们这种联合大会的例证；而且事实上地方教会乃是一种个别整体，而不受外在组合的束缚。但是从教会重要的本质言，照圣经所叙述的来看，似有这种联合。教会乃被描写成为一种属灵的机体；其构成的分子，彼此联合起来，有生命的关系。此乃为主耶稣基督属灵的身体，他「为教会作万有之首。教会是他的身体，是那充满万有者所充满的。」（参以弗所书一章二十二至二十三节）但是这种内在的联合，必须藉着有形的方式，甚至机构，把它表现出来。圣经里面讲教会不仅是一个属灵的身体，并且也是一个有形的身体，乃是「圣灵的（宝）殿」（林前六19）；是「有君尊的祭司，是圣洁的国度。」这里每一个名词均指一个有形的合一。公理教会的会友，独立教会派的人士以及无宗派人士似都未看到这个重要的合一的事实。现在有形教会分裂的情况不能使我们漠视那些经文给我们的指示，不但无形的教会，并且有形的教会都是一个合一体。Ekklesia一词，乃是单数的，这乃指示我们，有形教会乃比纯粹的地方教会有一个更广泛的意义。例如使徒行传九章三十一节说：「那时犹太、加利利、撒玛? 牵鞔Φ慕袒岫嫉闷桨玻唤ⅲ环彩戮次分鳎墒チ榈陌参浚耸驮龆嗔恕！梗ú⒉瘟智耙弧?2，一二28）再从哥林多前书十二章十二至三十节；以弗所书四章三至十六节来看，使徒乃有一个有形教会合一的观念。保罗强调说：「用和平彼此联络，竭力保守圣灵所赐合而为一的心。身体只有一个，圣灵只有一（位），正如你们蒙召，同有一个指望。一主，一信，一浸，一神，就是众人的父，超乎众人之上，贯乎众人之中，也住在众人之内。我们各人蒙恩，都是照基督所量给各人的恩赐……。为要成全圣徒，各尽其职，建立基督的身体，直到我们众人在真道上同归于一……，」尤有进者，在耶路撒冷和安提阿的教会虽有若干分开的团体，结果也合而为一。使徒行传第十五章讲到使徒和长老在耶路撒冷聚会商议，彼得、雅各相继发言，认为外邦人既已相信从他们口中所传的「福音之道」，就应「不分他们我们」，亦可见其有合而为一之心。耶路撒冷会议，乃由使徒与长老组成，乃不同「长老监督会」 （Classis）或「宗教会议」 （Synod）；乃为一种全体大会的例证，他们讲的话，不是仅带劝告的性质，而乃是有权威的。
2．全体大会之代表性质——在观念上，全体大会乃是由地方教会管辖区内所有教会代表所组成，但是从其所代表的教会而言，这种团体乃往往缺乏效率。为求代表的数目臻于合理的比例，必须贯彻全体大会，代表的原则。不是由地方教会，而乃是由「长老辖区」 （Presbyteries）差遣代表参加宗教会议。为求建立一个周密的制度，乃须惭求缩小范围；但总不远离教会合一的精神，一方面要维护良好的秩序，一方面要增进工作的果效。
3．全体大会管辖的范围：——这些大会必须时时切记他们教会的特性。因为一切关于科学的、社会的、教育的或是政治的事项，乃都不属其管辖之范围。他们所应掌管的，只有关于教会的事，例如关于教义，德行，教会的治理与纪律以及有关维护主耶稣基督教会之合一和优良秩序的事。但除此以外，还有那些属于较小会议所不能解决的事；以及有关众教会一般性的事，例如关于信条、教会组织、崇拜仪式等事，也须加以处理。
4．全体大会之权能权威——全体大会并不代表高过那授与「主教法庭」（Consistory）的权能（Power），改正宗教会也认为没有高于那属于「主教法庭」的权能。但是他们的权威（authority），无论在程度上与范围上，则又高过「主教法庭」。正如使徒的权能，其由十二使徒代表的，乃比一个使徒的为大；十个教会乃也比一个教会有更大的权威。尤有进者，全体大会的权威，不是仅仅适用于一个教会，并且广及其所联合的教会。因此全体大会的决议，乃是很有权威的，是不容任意取消的。「各教会独立主义派」 （Independency）以为这些决议乃仅有劝告的性质，因此，是无需履行，实乃为一种危险的错觉。这些决议，除非指明是仅为劝告的以外，乃是有权威的，乃为对于律法正确的诠释，此乃为教会之首，万王之王主耶稣基督的律法，对众教会自有其约束力，务须谨守遵行。