从每一个教会会友以及整个教会和主耶稣直接的关系来说，主耶稣基督乃是教会的元首（弗一22）和立法者，教会的治理，从其权威的渊源而论，主耶稣基督乃是万王之王，万主之主，则教会治理的性质，很显然乃是君主的。
但从另一方面来说，因圣灵光照启发每一教会会友，使整个教会如同一个身体，大家同心审辩，必然会得到同一个正确的结论。这圣灵的工作乃以圣经教会合一的训谕为根基。基督虽为教会唯一的君王，但是在他的身体（教会）执行他的旨意的时候，乃是绝对民主的。整个教会的会友，乃是他的身体，大家乃有共同的责任，要同心协力实施主耶稣藉着他的话所表达出来的律法。
教会乃是永生上帝的家，是「真理的柱石和根基。」（参提前三15）由于教会和主耶稣基督和他的真理的关系，则每一教会的会友理当坚决主张有权鉴定圣经的真义；易言之，绝对的君主，还需要绝对的民主，方能相得益彰。魏兰校长（Wayland）说：「没有个别的基督徒或若干个别的基督徒；也没有个别的教会或若干个别的教会有固有的权柄或权能高过或管制整个的教会。谁也不能把主耶稣基督的律法加以增删；或是用他直接的或绝对的统治权，辖制其臣民的心志和生命。」每一个会友既是彼此平等的，在整个教会表决的时候，都可自由投票，多数人不能用任何行动支配他，使他违反他对基督责任所有的确信。
约翰柯顿（John Cotton）说：「教会无上的统治权，乃归基督；教会的庶务和管理则属教会本身。」《剑桥论坛报》说：「从基督的观点说：『教会的治理乃是君主的，从教会的弟兄关系说，则教会乃是民主的。』」可惜该报论到长老会和长老的职权，他们以为是「寡头政治」（Aristocracy），则非确当。
斯宾赛（Herbert Spencer）和约翰密勒（John Stuart Mill）在哲学上有不同的见解，有一次开会彼此论辩。以后斯宾赛因为没有经费，宣告他所应许出版的关于他科学哲学的著作，只好停止出版。密勒听到这个消息，立刻写信给他说，他对其著作，在若干点上虽不能完全赞同；但对他的研究工作，认为乃有裨真理的发展，因此他深愿资助所需出版的费用。此乃哲学界人士给我们神学界人士一个佳范，我们应加效法。所有圣徒应当彼此敬爱。我们对于主耶稣基督所晓谕我们真理的道固然应当坚信勿渝，谨守遵行；但是对于他人亦应尊重其自我抉择之权。
「耶稣会」的创办人罗耀拉（Loyola）为每一个新入教的人（Neophyte）掘一个坟墓，把他埋在里面，只有头露在外面，问他说：「你死了没有？」当那人回答说：「是的。」他就再说：「起来，来侍奉我，因为我只要死人侍奉我。」但是主耶稣乃适得其反，他只要活人事奉他，他要使人得生命，并且得的更丰富（参约一○10）。「救世军」也违反唯独归顺基督的原则，乃像耶稣会一样，使个人的良知受制于人，乃不合民主的精神。
教会治理民主的性质，乃有很多的例证，从圣经来看，乃可分作五种：
1．从教会全体在言行上维持教会的合一说——罗马书十二章十六节说：「要彼此同心，不要志气高大，倒要俯就卑微的人，不要自以为聪明。」哥林多前书一章十节说：「……我藉我们主耶稣基督的名劝你们都说一样的话。你们中间也不可分党，只要一心一意，彼此相合。」哥林多后书十三章十一节，「……要同心合意；要彼此和睦。如此仁爱和平的神必常与你们同在。」以弗所书四章三节，「用和平彼此联络，竭力保守圣灵所赐合而为一的心。」腓立比书一章二十七节，「只要你们行事为人与基督的福音相称……同有一个心志，站立得稳，为所信的福音齐心努力。」彼得前书三章八节，「你们都要同心，彼此体恤，相爱如弟兄，存慈怜谦卑的心。」
这些对教会合一劝勉的话，并不是要消极的顺服，好像在教阶组织（hierarchy）制度之下那样，也非如耶稣会的会员，要完全奴服；这些乃是劝勉大家彼此合作，协力同心。每一会友乃由圣灵引导，要想到其他会友；也由圣灵引导，彼此陈述意见，只是互相参比，最后的结论，要合乎上帝的旨意。劝勉合一，乃是要劝大家开诚布公，谦卑柔和，对于讨论的事，要捐弃成见，尊重公意，择善如流，从而得到新的亮光。古语云，「集思广益」，「闻善言则拜」，基督圣徒，更应有容人之雅量。教会仅用道义的劝告，获得全体的赞同，以及教会的合一。但是倘有黯恶不良之徒存心破坏，则亦不能徇情妥协，应照教会规律，处以结党纷争之罪。
一个情谊融洽真诚合一的教会，乃是圣灵在圣徒心中动了善工的结果。新约教会的顺利治理乃须有圣灵住在所有信徒的心中。浸信会实有很好的体制。主耶稣基督不容没有重生得救的人作教会会友，更不容撒但得着圣徒。他说：「我要把我的教会建造在这磐石上；阴间的权柄，不能胜过他。」（参太一六章18）一个教会如果没有主耶稣基督住在里面，必起纷争倾轧，卒归瓦解；一个已经离开圣灵的教会，仅事勉强维系外表的合一，非仅无益，且反将有碍圣道之发展。正如海水起了高潮，一切在海边的小池，都要融合在洪流之中。同样的道理，基督之灵之大能所起的洪流，所造成的合一，乃远胜任何虚有其表的外在的合一。在历史上，于黑耳特勃兰特（Hildebrand）之下的大联合运动，乃仅虚张声势，实为教会道德最败坏的时期。当教会纷争之时，其救治之方，并非在改变教会的组织，而乃为教会的复兴。回顾初期教会，并无外表上共通的联合统治机构，但是他们彼此积极劝勉，情如手足的，「肢体彼此相顾」（林前一二25）的交契，实真能促进教会的合一。他们殷勤款待，旅行布道，使徒的书信，以及四福音书，都足推进合一；甚至异端，也可因此淘汰不良分子，以及结党纷争的败类，反而助长教会的合一，使「万事都互相效力」（罗八28）。
霍尔德氏（Dr. F. J．A. Hort）在其所著《基督教会论》一书中说：「在以弗所书里面，没有一个字讲到一个教会（ecclesia）乃是由『许多教会』（ecclesiae）构成的。……构成教会的会友，并非群体，乃为个人。……普世教会的合一，乃是神学与圣道的真理，但并不是我们所称的教会体制的事实。……教会（ecclesiae），就是会友的总体，乃为主要的团体，甚至是主要的权威之所在。教会里也没有那种体制把教会职员的地位高过长老，也没有像以后圣公会那种的体制。保罗也把暂时的职务付托提摩太和提多。」巴脱莱德氏（Barteett）说：保罗在提摩太所组织的团体展开工作之时，则让提摩太与提多自行治理他们的教会，但没有主教职务永久的任期，由他一个人统辖「许多教会」（ecclesiae）
2. 从教会全体维护纯正教义与行为的责任说——提摩太前书三章十五节说：「……你也可以知道在神的家中当怎样行；这家就是永生神的教会，真理的柱石和根基。」犹大书三节说：「……劝你们，要为从前一次交付圣徒的真道，竭力的争辩。」启示录二、三章，其中写给亚洲七教会的书信，乃都是劝勉要大家维护纯正的教义与行为。在其中所有的经文，所作的训谕，并不是主教对其从属的祭司，而乃为使徒对教会全体及其所有的会友所讲的。
上文所提的霍尔德氏（Dr. Hort）把提摩太前书三章十五节：「真理的柱石和根基」改译为「一个真理的柱石和根基」，这乃显然是指众教会里一个地方的教会而言。以弗所书三章十七、十八节说：「使基督因你们的信，住在你们心里，叫你们的爱心，有根有基，能以和众圣徒一同明白基督的爱，是何等长阔高深。」华顿氏（Edith Wharton）说：「真理可从多方面来说：一个人所没有讲到的，须待另一人补充。」语云：「挂一漏万」，「集思广益」；真理不能一概而论，尤不可固执成见。
3．从制定圣礼吩咐教会全体谨守遵行说一一正如教会用教义阐明真理，她也用圣礼作象征来表达真理。马太福音二十八章十九至二十节，主耶稣在复活以后，升天之前，吩咐门徒说：「你们要去，使万民作我的门徒，奉父子圣灵的名，给他们施浸。」路加福音二十四章三十三至三十五节：「他们就立时起身，回耶路撒冷去，正遇见十一个使徒和他们的同人，聚集在一处，说：『主果然复活，已经现给西门看了。』两个人就把路上所遇见，和擘饼的时候怎样被他们认出来的事，都述说了一遍。」使徒行传一章十五节：「那时，有许多人聚会，约有一百二十名……。」哥林多前书十五章六节：「后来（主耶稣基督）一时显给五百多弟兄看，其中一大半到如今还在……。」这些经文，乃晓谕我们，主耶稣基督制定圣礼，并非单单限于十一个使徒。
哥林多前书十一章二节保罗说：「我称赞你们，因你们凡事记念我，又坚守我所传给你们的。」接着就于二十三至二十六节，讲施行圣餐，「我当日传给你们的，原是从主领受的，就是主耶稣被卖的那一夜，拿起饼来，祝谢了，就擘开，说：『这是我的身体，为你们舍的，你们应当如此行，为的是记念我。』饭后，也照样拿起杯来，说：『这杯是用我的血所立的新约，你们每逢喝的时候，要如此行，为的是记念我。』你们每逢吃这饼，喝这杯，是表明主的死，直等到他来。」——保罗在这里举行圣餐，吩咐遵行，并非对少数的职员，而乃对教会全体。所以浸礼和圣餐，不能由教牧个人自由决定，随意施行。教牧乃仅为教会的「机构」；这种神圣的礼，绝不可任令他们任意处理。
4．从教会全体拣选职员与代表说——使徒行传一章二十三至二十六节说：「于是选举两个人，就是那叫作巴撒巴，又称呼犹士都的约瑟，和马提亚。众人就祷告说：『主阿，你知道万人的心，求你从这两个人中，指明你所拣选的是谁，叫他得这使徒的位分。这位分犹大已经丢弃，往自己的地方去了。』于是众人为他们摇签，摇出马提亚来；他就和十一个使徒同列。」使徒行传六章三至六节说：「『所以弟兄们，当从你们中间选出七个有好名声，被圣灵充满，智慧充足的人，我们就派他们管理这事。但我们要专心以祈祷传道为事。』大众都喜悦这话，就拣选了司提反，乃是大有信心、圣灵充满的人；又拣选腓利、伯罗哥罗、尼迦挪、提门、巴米拿，并进犹太教的安提阿人尼哥拉，叫他们站在使徒面前。使徒祷告了，就按手在他们头上。」——叫他们作执事。使徒行传十三章二至三节说：「他们事奉主，禁食的时候，圣灵说：『要为我分派巴拿巴和扫罗，去作我召他们所作的工。』于是禁食祷告，按手在他们头上，就打发他们去了。」
使徒行传十五章二至四、二十二至三十一节说：「保罗、巴拿巴与他们大大的分争辩论；众门徒就定规，叫保罗、巴拿巴和本会中几个人，为所辩论的，上耶路撒冷去见使徒和长老。……到了耶路撒冷，教会和使徒并长老都接待他们，他们就述说神同他们所行的一切事。……那时，使徒和长老并全教会定意从他们中间拣选人，差他们和保罗、巴拿巴同往安提阿去；所拣选的，就是称呼巴撒巴的犹大和西拉。这两个人在弟兄中是作首领的……这二人是为我主耶稣基督的名不顾性命的。……他们既奉了差遣，就下安提阿去，聚集众人，交付书信。众人念了，因为信上安慰的话就欢喜了。」哥林多后书八章十八至十九节说：「我们还打发一位兄弟和他同去，这人在福音上得了众教会的称赞；不但这样，他也被众教会挑选，和我们同行，把所托与我们的这捐资送到了，可以荣耀主，又表明我们乐意的心。」使徒行传十四章二十三节说：「二人在各教会中选立了长老，又禁食祷告，就把他们交托所信的主。」——这里使徒们宣告教会之所拣选的人，乃似大学校长授与学位，——就是宣布董事会所决议的学位一样。
当安提阿教会差遣代表到耶路撒冷去，他们写信给耶路撒冷，只是这样说：「使徒和作长老的弟兄们问安提阿、叔利亚、基利家外邦众弟兄的安。」（徒一五23）十二使徒们只有属灵的权能。他们可以劝勉，但是他们并不命令。他们只有讲真理之道，方能使听的人，心悦诚服，从而使他们遵从。易言之，这不是他们命令，而乃为他们的主命令。
哈该德氏（Haekett）在他所著的《圣经注释》中说：「选立不是强迫的。这可能是一种照通常所举行的大家投票方式，意见一致的选派。此词所指乃含有用举手的方式选定与指定的意思。」梅耶氏（Meyer）说：「教会的职员是选任的，如使徒行传六章二至六节说：『十二使徒叫众门徒来，对他们说：「我们撇下神的道去管理饭食，原是不合宜的。所以弟兄们，当从你们中间选出七个有好名声，被圣灵充满，智慧充足的人，我们就派他们管理这事。但我们要专心以祈祷传道为事。」大众都喜悦这话，就拣选了司提反，乃是大有信心、圣灵充满的人；又拣选腓利、伯罗哥罗、尼迦挪、提门、巴米拿，并……尼哥拉，叫他们站在使徒面前。使徒祷告了，就按手在他们头上。』这里『拣选』或『选立』一词，从语源学而言，非任命或封立，乃为承认他们天赋之才；这不是他们职位的根据，也非他们权柄的渊源，无非乃为他们才能成为他们在教会实际的职位。」
彭加敦氏（Baumgarten）也说：「他们——两位使徒——也主张长老由投票公举。」亚力山大（Alex-ander）说：「选立的方式，一词的意义，乃和使徒行传六章五至六节所说的一样，先由会众拣选七个好名声的，然后由十二使徒按立。」巴恩斯氏（Barnes）说：「当会众选举之时，使徒们乃主持会议——其选举的方式乃和人民寻常投票选举一样。」提多书一章五节也说：「……照我所吩咐你的，在各城设立长老。」
5. 从教会全体执行纪律的权能说——圣经里面有很多经文晓谕我们，教会全体乃有权开除会友，也有权接纳会友。马太福音十八章十七至十八节说：「若是不听他们，就告诉教会；若是不听教会，就看他像外邦人和税吏一样。我实在告诉你们，凡你们在地上所捆绑的，在天上也要捆绑；凡你们在地上所释放的，在天上也要释放。」从十八章十七节来看，可知权威乃是在教会，且有最后裁定之权。但是倘使教会的决定有误，则受冤屈的人，可向教会全体信徒申诉。例如民数记十五章三十五节说：「耶和华吩咐摩西说：『总要把那人治死，全会众要在营外用石头把他打死。』」可见纪律乃由全会众执行，乃是民主的。哥林多前书五章四、五、十三节说：「……你们聚会的时候，……奉我们主耶稣的名，并用我们主耶稣的权能，要把这样的人交给撒但，败坏他的肉体，使他的灵魂在主耶稣的日子可以得救。……你们应当把那恶人从你们中间赶出去。」哥林多后书二章六至七节说：「这样的人受了众人的责罚，也就够了；倒不如赦免他，安慰他，免得他忧愁太过，甚至沉沦了。」七章十至十一节说：「……因为依着神的意思忧愁，就生出没有后悔的懊悔来，以致得救；……从此就生出何等的殷勤、自诉、自恨、恐惧、想念、热心、责罚；在这一切事上，你 们都表明自己是洁净的。」帖撒罗尼迦后书三章六、十四、十五节说：「我们奉主耶稣基督的名吩咐你们，凡有弟兄不按规矩而行，不遵守从我们所受的教训，就当远离他。……若有人不听从我们这信上的话，要记下他，不和他交往，叫他自觉羞愧；但不要以他为仇人，要劝他如弟兄。」在哥林多教会，所有的过犯邪恶，因为是在一个民主方式的团体里面，所以会得蒙赦免，不把他们当仇人，乃劝他们如弟兄，以致生出没有后悔的悔悟，以致得救；保罗并不徒事使用权威，吩咐改革教会的体制，而乃用民主劝导的方式，使他们心悦诚服，革面洗心，成为新造的人。
教会里面的教导工作，对于全教会选举教牧与执事，拣选教会的代表，接受会友，开除会友，处理财务，推进一般教会行政工作，展开宣道事工，筹募捐献以及维护纯正教义与行为的准则，实有非常重大的影响，乃不容漠视。教会的会众对于那声请加入教会的人，可能比牧师与长老认识更为清楚。如果把全部治理教会的工作，放在少数人的手中，就要妨碍全体会众对教会事工的实习与长进。所以牧师的责任，应当发展教会的自治。差遣宣教士不是命令的，乃是劝导的。一个成功的教牧，乃要使教会全体都能推动。教牧成功的考验与证明，并非在他教会之时，而须视其离开教会以后。易言之，要看其会友是追随「他」，抑或是跟从「主」；究竟其会友是被动地依靠他，抑或能够独特主动，推进教会的事工。
「牧师」（Minister）一词，不是「主人」（Master），乃为仆人；非为「役人」，乃要「役于人」。真正的牧师乃要「感召」（inspire），而不「强迫」（drive）；要「以德服人」，使人心悦诚服，而非「以力服人」，使人「口服心不服」。一个基督徒在教会里面，在贤良牧师教导之下；（1）应知其作教友的特惠；（2）应各尽所长，善用其特惠；（3）应就会友的身分，施展所得之权利；（4）应荣耀新约教会治理的制度，加以维护并加传扬。
一个良牧，其真正牧会之道，应当隐藏他自己，推动其会友，施展他的作为；以「无为而治」，达到「无为而无不为」的成果。倘使据高临下，管辖统治，显其声威，则迟早必失去他的势力，而教会的事工也必日趋衰落。台克斯德氏（Dexter）认为公理会主义乃为最优良的教会治理的体制。他又引贝利乔氏（Belcher）所著《美国教会宗派》一书中的话说，「杰弗逊（Jefferson）总统认为，浸信教会治理的体制乃为世界上最纯正的民主主义的体制，也可成为美国政府最优良的计划。此乃为美国革命前八年或十年之事。」费斯克氏（John Fiske）说：「一个根据加尔文主义神学的教会，乃不容有高级教士制度（Prelacy）的存在」。
关于治理教会，乃有两种谬见：一为世界教会说，二为国家教会说，兹分论之：
1．世界教会说（The World Church Theory）——此说乃为罗马天主教的见解。他们说，所有地方教会都应服从罗马主教，他乃是使徒彼得的继承者，乃为主耶稣基督的代理人，他乃是无误的，他把普天下的教会联合起来，构成一个唯一的基督教会，其说之谬，可分六点来说：
其一——主耶稣基督从未赐给彼得这种最高的权威。马太福音十六章十八至十九节仅仅是指彼得乃为最初信仰基督，以及向犹太人和外邦人传扬基督福音之人。所以其他使徒也和彼得有同等的地位。以弗所书二章十九至二十二节说：「这样，你们不再作外人和客旅，是与圣徒同国，是神家里的人了；并且被建造在使徒和先知的根基上，有基督耶稣自己为房角石；各房靠他联络得合式，渐渐成为主的圣殿。你们也靠他同被建造，成为神藉着圣灵居住的所在。」启示录二十一章十四节说：「城墙有十二根基，根基上有羔羊十二使徒的名字。」（并非仅有彼得一人之名）从使徒行传十五章七至三十节来看，彼得和雅各都起来向会众说话，可证他们的地位，乃无分轩轾。再从加拉太书二章十一至十五节来看，彼得因有可贵之处，且被保罗当面反对。彼得前书五章一节，彼得自称他自己乃是「同作长老的人」，益可证明彼得并无特殊的地位，显见天主教所见之不当。
照马太福音十六章十八至十九节所讲，彼得乃是首先运用天国的钥匙，向犹太人和外邦人传扬福音的人。所谓「磐石」，无非乃为彼得信仰主耶稣基督之心。彼得信仰之表白，就成为建造教会的磐石。柏隆德氏（Plumptre）在其所著《彼得书信》一书中说：「他（彼得）乃是一块石头，乃和其他与磐石在一起的石头联合起来，成为一个不能分离合一体。」
一个使徒乃需具备三种条件：（1）他必亲见主耶稣的复活，俾可见证主耶稣基督已从死里复活；（2）他必能行神迹，以证他是主耶稣基督的使者（参可一六20）；（3）他必宣讲基督的真理，使他所说的，完全是上帝的话语。罗马书十六章七节，保罗说：「又问我亲属与我一同坐监的安多尼古和犹尼亚安，他们在使徒中是有名望的，也是比我先在基督里。」这些乃是被使徒或在使徒中被敬重之人。使徒行传十三章二至三节说：「他们事奉主，禁食的时候，圣灵说：『要为我分派巴拿巴和扫罗，去作我召他们所作的工。』于是禁食祷告，按手在他们头上，就打发他们去了。」希伯来书三章一节说：「同蒙天召的圣洁弟兄阿，你们应当思想我们所认为使者、为大祭司的耶稣；」基上所论，彼得并无确据，曾被主耶稣基督赐给他像天主教所说之最高的权威。此乃可证天主教所见之谬误。
其二——倘使彼得有此最高的权威，也未见他把这种最高权威留传给他或罗马教宗的确证。
费晓氏（Fisher）在他所著的《教会史》中说：「渥肯的威廉氏（William of Occam， 1300-1349）曾有论教宗的手著。威氏乃超越前人，为道争辩，他说教会既在基督里合一，那就不必遵服大主教个人，受他的管辖。……关于信仰问题，威氏甚至不认为教会联合大会是无误的。只有圣经以及普世教会共有的信仰，才有其真实性。」罗兴博禧氏（W. Rauschenbusch）说：「真正教会的特征，乃为充满圣灵的大能对主耶稣的忠心，超乎俗世的德行，寻找拯救失丧之人，自我牺牲，与自我受苦（Self-Crucifixion）。」
罗马天主教认为他们传授的，乃是无误的。教宗是无误的：（1）在他以教宗的身分讲论的时候；（2）在他为全教会发言的时候；（3）在他阐明教义或作最后裁判的时候；（4）在他就信仰与德行的范围阐明教义的时候，乃都是无误的。但是照晓曼氏（Schurman）在他所著的《信仰上帝》一书中所说：「即使承认教宗占有首位，但仍有许多证据，指出教宗并非无误。在六四九年莱脱仑会议（Council of Lateran）中，洪诺理教宗（Pope Honorius）和马丁第一教宗（Pope Martin I）彼此争辩，一方认为无误，对方却认为有误，显见两者不能无误。教宗只要有一个错误，即可宣告教宗无误论的死刑。」何况教宗既自相攻击，岂非等于自己承认教宗并非无误。
马丁诺氏（Martineau）在其所著《权威之中心》一书中用许多例证，举出教宗前后不符，自相矛盾之处；而罗马天主教信条对于真正教会的四个特征：（1）教会的合一性；（2）教会的神圣性；（3）教会的普世性；（4）使徒传统性（Apostolicity），每一点都不能加以解答。史丹莱副主教（Dean Stanley）有一次尝和比伍斯第九教宗（Pope Pius IX）谈话，退而告人说，我和这位「无误之人」仅仅谈了二十分钟，他犯的大误，乃比我与任何人谈话时为更多。费庞氏（Dr. Fainbairn）用讥讽式的话阐泽「教宗无误论」说：「所为无误，实乃无能，明明有误，却是不能找出来。」罗马教宗不能追溯他从使徒彼得的血统；正如亚力山大不能追溯他从古罗马主神的血统一样。
其三——彼得曾在罗马，并没有明确的证据，更没有他曾作罗马主教的证据。
罗马的革利免（Clement）曾讲到彼得是一个殉道者，但是他并未明言罗马是彼得殉道的地方。照一般传说，彼得曾在罗马布道，并且曾在罗马建立一个教会。但是莱伯修教授（Prof．Lepsius）经过详细的研究考察以后，得到的结论，甚至谓彼得未到过意大利。
霍治氏（A. A. Hodge）认为：所谓（1）彼得曾为大主教；（2）彼得曾作罗马的主教；（3）彼得曾为罗马的大主教，乃为三个未经证实的假设。罗马书十五章二十节，保罗说：「我立了志向，不在基督的名被称过的地方传福音，免得建造在别人的根基上。」（并参徒一九21；林后一○16）因为保罗不愿在别人的根基上建造，所以彼得可能在保罗从以弗所写信到罗马的时候，未曾在罗马工作。梅耶氏（Meyer）虽认为彼得曾在罗马殉道，但是他却没有在罗马找到他所建的教会，也不知该教会的原址。照梅耶之见，保罗所写的罗马书，乃足以败坏罗马教宗权位的根基，则彼得绝无以其权威留传给罗马教宗的可能。
其四——彼得曾经指派罗马主教们作他的继承人，也没有明证。
高敦氏（Dr．A. J． Gordon）在其所著的《圣灵的使命》一书中说：「圣灵乃为真正的『基督的代理』（“Vicar of Christ”罗马教宗，以此自称，实属僭妄）。现在大叛道的暗影笼罩了三分之二有名无实的教会，其祸根所在，乃为教会漠视圣灵，结果仆人喧宾夺主，自作家宰；越俎代谋，侵犯家宰的特权。其结果就要使教会元首（主耶稣基督），被另一人取而代之，起而统治教会，肆无忌惮，自称是基督的代理。」
浸信会成功的原因，乃在把真理放在合一之先，庶不致削足适履，妨害真理。雅各书三章十七节说：「唯独从上头来的智慧，先是清洁，后是和平，温良柔顺，满有怜悯，多结善果，没有偏见，没有假冒。」真正的合一，不是外在的，乃是内在的；若仅骛虚表，则有名无实。教士们巧妙的手段，不能引领人到天国，也不能使他成为主耶稣基督忠实的良牧。西欧法兰克族（Frank日耳曼民族的一支）的全族归主运动，耶稣会以服从取代生命，把教会与国家视为一体，凡此都不是正当传扬基督圣道之方法。罗马天主教徒藉彼得之名，求外在的合一，且他们的宣称，需要确切的无可反驳的确证，始能为人接受；但是无论在圣经上在历史上，都没有正当的理由与根据，可以令人相信彼得曾经指派罗马主教们作他的继承人。
其五——倘使彼得果真曾经指派罗马主教们；但又没有从何时开始继续继承的确据。
台克斯德（Dexter）在他所著的《公理会主义》一书中说，倘使所有的天主教徒都到美国来，那就有一千八百万，但事实上，只有八百万。这乃因为美国的民主主义，使他们脱离了神父的控制，这不是剥夺他们，乃为救他们解脱与变质教会的关系；更使他们和新约教会接触，发生关系，从而因信主耶稣基督，而得到救恩。一位向来竭力鼓吹天主教的莫勒氏（Mohler）以后自承其误，以是宣称，改教以前那些教宗，「都已被阴间吞灭了」。
其六——一个教职阶级制的教会。其治理教会的方式，不但败坏教会，且又不能荣耀基督。
高敦氏在其《圣灵的使命》一书中说：「天主教作者认为教宗——『基督的代理』乃为圣灵唯一的喉舌。但是圣灵乃是赐给整个教会的，此乃赐给每一位重生得救的信徒，按着程度，赐给教会每一个肢体。祭司制度（Sacerdotalism）的罪，乃在少数人霸占并僭取属于基督奥秘身体（教会）每一肢体的地位与权能。他们藉着之名，滥用职权，不遵圣经的教训，不照上帝的旨意，牧养神的群羊，照管他们；不是出于勉强，乃是出于甘心；也不是因为贪财，乃是出于乐意；也不是辖制所托付（他们）的，乃是作群羊的榜样。（参彼前五2－3）却是仗着教宗和主教们的命令，辖制主耶稣基督的群羊……。殊不知各种委员会和教会多数的会众，也可胜任教宗和主教的工作……。这乃是许多金灯台的光息灭的原因……。身体虽是存在，却是没有气息。虽生犹死，名存实亡。须知只有圣灵乃为唯一的主宰。」
梅勒维氏（Melville）说：「倘你和教宗和好，把他供奉在你的房间里面，又把他种在你的心田里面。但是你要确信在你上面，乃有一个天，还有一个上帝，那你所敬奉而归顺的教宗，就要被至圣者所厌恶而撤职；而那自高自大，自称在万王之上的，摄取上帝特权的，也要遭同样的厄运！」
2．国家教会说（The National Church Theory）——此乃关于治理教会第二种谬见。他们认为任何一省或一国教会的会友，乃都结合在一个团体里面。而这个团体对于地方教会乃有管辖之权。此说之谬，可分五点来说：
其一——此说乃毫无圣经的根据。一词在新约里面，绝无国家教会的意义。林前一二28 ；腓三6；提前三15，各节经文所讲的，乃指一般的教会（Generic Church）而言。在使徒行传九章三十一节，一词乃为对各处教会一般化的说法，并未讲到其组织。
哥林多前书十二章二十八节说：「神在教会所设立的：第一是使徒；第二是先知；第三是教师；其次是行异能的；再次是得恩赐医病的；帮助人的；治理事的；说方言的。」提摩太前书三章十五节说：「……你也可以知道在神的家中当怎样行；这家就是永生神的教会，真理的柱石和根基」；使徒行传九章三十一节：「那时犹太、加利利、撒玛利亚，各处的教会都得平安，被建立。」都非国家教会的例证。
其二——新约教会彼此交往聚会，（例如使徒行传十五章一至三十五节，在耶路撒冷聚会商议）乃是以独立的地位。此可见国家教会说，乃抵触圣经。
麦祺弗氏（McGiffert）在其所著《使徒教会》一书中说：教会组织的发展，乃分几个阶段。使徒的教训，乃为基督圣道唯一的基准与规范，十二使徒在耶路撒冷教会只有纯粹属灵的权威。他们可以劝勉，但是他们并不命令或管制。所以他们并不把权威传授给他人，他们自己也没有绝对的权威。
其三——此说拘泥形式，酿成分裂，结果消灭自治的精神，以及对主耶稣基督应负的直接责任。
鲁秉生氏（E. G. Robinson）说：英国国教的分立，乃最富宗派的精神。在第二世纪以前，没有一个宗教会议宣称他们有权威，直到第三或第四世纪，没有教会放弃他们独立的地位。赖德福氏（Lightfoot）在他所著的《腓立比书注释》中说：在伊格那修（Ignatius）时候，主教乃仅被视为合一的中心；在爱任纽（Irenaeus）时候，主教乃被视为最初真理的宝库；在居普良（Cyprian）时候，主教乃被视为主耶稣基督属灵之事的代理人。在教父时代，我们看到教会有一种最清楚的现象，就是教会体制的日趋退化。所以亚力山大（Archibald Alexander）说：「我们最好为『教父』换一个新名，称他们为『教婴』（Church babies），因为他们的神学是很幼稚的」。马丁路德也说：「不要听文士的话，要听圣经——上帝的话」。
其四——把一个称为属灵的教会，受形式与地域的捆绑，乃是自相矛盾，理不可通的。
高敦氏又在他所著《圣灵的使命》一书中说：「在启示录里，有七个灯台，但在旧约里面，会幕里的灯台只有一个，我们由此可知，在犹太人时代，上帝有形的教会只有一个；而在外邦人时代，乃有许多有形的教会。」慕尔主教（Moule）在他讲「在圣灵里合一」之后说，当这些道理大为传扬以后，内里的合一，能够产生极大的果效。可见一个真正属灵的教会是不受形式与地域之限制捆绑的。
其五——国家教会说的结果，必然导致天主教义。倘使两个教会需要一个更高的权威管辖他们和解决他们的争端，就必有在一位有形的元首之下，一个共同的教会统卸机构——那就是世界教会，就是罗马天主教。
哈契氏（Hatch）在他讲初期教会组织的时候，不先从新约圣经的明证，就开始讲使徒以后教会组织的发展，好像原始的主教制度在使徒以后很快就建立起来，以为即可证其为合法的而且必须遵从的。于此我们须问，我们对于这种顺利发展的制度，是否必有道德上遵从的义务呢？倘若必遵，则我们对于那些最后在基顺河边被以利亚所杀的巴力假先知，因他们当初盛极一时，难道这就必对他们顺从吗？（参王上一八25一40）这显然可以反证哈契之说的无当。
人类的本性每易用外在组织的合一代替基督信徒灵性的合一。主耶稣基督的真理与圣灵乃力足掌管所有信徒如同一人一样，那就无需公共的统辖。浸信会并没有外在组合的羁绊，却在教义上，比那些采取主教制度或省区组织的教会能维持更大的合一，而且更合于新约的标准。约翰福音十章十六节，主耶稣说：「他们……要合成一群，归一个牧人了」。这不是一个羊栏，外在的合一；而乃为一群，在许多羊栏里面。华德莱主教（Archbishop Whately）说：「我们从启示录二十二章二节的生命树，得到基督徒真正合一的象征，在河这边和那边有生命树，结十二样果子，每月都结果子；树上的叶子乃为医治万民。」唯有这种合一，始能繁茂结实，造福万邦。