改正宗教会虽不认为他们治理教会的制度，在每一细节上乃都根据上帝的圣言，但却力主他们的基本原则乃是直接从圣经而来。他们的学说，概可分作五点：一、基督为教会之首，也是教会一切权威之源。二、主耶稣基督乃用他的圣言，施展他的权威。三、主耶稣基督是君王，把权能赋予教会。四、主耶稣基督赋予教会代表机构施行特种职务的权能。五、教会的权能主要的乃归地方教会治理会务的团体。兹分论之：
罗马天主教会认为此乃最关重要，藉此可以维护「教宗」在教会首领之地位。改正宗教会则反对天主教对他们「教宗」职位的主张，认为只有基督是教会之首。长老会和改正宗教会为着维护基督为元首之地位，乃要向两面作战，一方面反对天主教以「教宗」为教会之首，一方面又反对国家至上说，以国家侵占教会之权，要以国家或君王作有形教会之首。这一个战争，起自苏格兰，以后荷兰也起而作战。其作战神圣之目的，乃是为要建立并维护基督的地位——基督乃是有形教会唯一合法的元首，此乃因为他是教会最高的立法者与君王。他们又承认主耶稣基督乃为无形教会「有机的元首」（Organic head）。华格氏（Walker）论到这些苏格兰的学者说：「他们认为主耶稣基督乃是有组织的有形教会的君王与元首，他用他的训示、法令、执事和权力，统治他的教会，正像在古时大卫王和所罗门王统治他恩约的子民一样。」
圣经晓谕我们，基督乃为「万有之首」：他是天地万物的主宰；他不仅是「三位一体」中之第二位的圣子上帝，他又为上帝和人中间唯一的中保（提前二5），他又拥有天上地下所有的权柄（太二八18），他乃「远超过一切执政的、掌权的、有能的、主治的，和一切有名的；不但是今世的，连来世的也都超过了。又将万有服在他的脚下，使他为教会作万有之首。教会是他的身体，是那充满万有者所充满的。」（弗一21－23）他是「那不能看见之神的像，是首生的，在一切被造的以先。因为万有都是靠他造的，无论是天上的，地上的；能看见的，不能看见的；或是有位的，主治的，执政的，掌权的；一概都是藉着他造的，又是为他造的。他在万有之先；万有也靠他而立。他也是教会全体之首；他是元始，是从死里首先复生的，使他可以在凡事上居首位。」（西一15一18、并参腓二8一11）启示录十七章十四节与十九章十六节说：「他们与羔羊争战，羔羊必胜过他们，因为羔羊是万主之主、万王之王。同着羔羊的，就是蒙召、被选、有忠心的，也必得胜。」「在他衣服和大腿上有名写着说：『万王之王，万主之主。』」而从特殊意义上来说，他乃是「教会之首，教会是他的身体。」（参上引弗一22一23）他和教会乃有生命的有机的关系，教会乃充满了 他的生命，他在灵里面掌管教会。主耶稣在约翰福音十五章一至八节说：「我是真葡萄树，我父是栽培的人。凡属我不结果子的枝子，他就剪去；凡结果子的，他就修理干净，使枝子结果子更多。现在你们因我讲给你们的道，已经干净了。你们要常在我里面，我也常在你们里面。枝子若不常在葡萄树上，自己就不能结果子；你们若不常在我里面，也是这样……因为离了我，你们就不能作什么。人若不常在我里面，就像枝子丢在外面枯干，人拾起来，扔在火里烧了。你们若常在我里面，我的话也常在你们里面，凡你们所愿意的，祈求就给你们成就。你们多结果子，我父就因此得荣耀，你们也就是我的门徒了。」以弗所书一章十节，二章十九至二十二节，四章十五至十六节，五章三十节说：「要照所安排的，在日期满足的时候，使天上地上一切所有的，都在基督里面同归于一」；「这样，你们……是与圣徒同国，是神家里的人了；并且被建造在使徒和先知的根基上，有基督耶稣自己为房角石；各房靠他联络得合式，渐渐成为主的圣殿。你们也靠他同被建造，成为神藉着圣灵居住的所在。……连于元首基督；全身都靠他联络得合式，百节各按各职，照着各体的功用彼此相助，便叫身体渐渐增长，在爱中建立自己」。「因我们是他身上的肢体」。歌罗西 书二章十九节，三章十一节说：「……全身既然靠着他，筋节得以相助联络，就因上帝大得长进」；「……不分希利尼人、犹太人、受割礼的、未受割礼的、化外人、西古提人、为奴的、自主的；唯有基督是包括一切，又往往各人之内。」前千禧年派只是很狭义的认基督为教会之首，而却否认改正宗所争辩的要点，基督乃为万王之王，万主之主；他乃「远超过一切执政的、掌权的、有能的、主治的，和一切有名的；不但是今世的，连来世的也都超过了；又将万有服在他的脚下，使他为教会作万有之首」；「教会是他的身体，是那充满万有者所充满的。」基督乃是教会之君王，因此乃应被承认是教会唯一最高的权威；不仅因为他和教会有生命的关系，他又是他的立法者和君王。而从有机的与生命的意义上说，他又是无形教会之首，此乃成为他属灵的身体。当然他又是有形教会之首，这不是仅在有机的意义上，而又因他对教会有统治的权柄。马太福音十六章十八至十九节说：「……我要把我的教会建造在这磐石上；阴间的权柄，不能胜过他。我要把天国的钥匙给你，凡你在地上所捆绑的，在天上也要捆绑；凡你在地上所释放的，在天上也要释放。」马太福音二十三章八、十节说：「你们不要受拉比的称呼，因为只有一位是你们的夫子，你们都是弟兄 ；……也不要受师尊的称呼，因为只有一位是你们的师尊，就是基督。」约翰福音十三章十三节主耶稣说：「你们称呼我夫子，称呼我主，你们说的不错，我本来是。」哥林多前书十二章五节说：「职事也有分别，主却是一位。」以弗所书一章二十至二十三节（见前引），四章四至六、十一至十二节说：「身体只有一个，圣灵只有一个，正如你们蒙召，同有一个指望。一主，一信、一浸、一神，就是众人的父，超乎众人之上，贯乎众人之中，也住在众人之内。……他所赐的，有使徒、有先知、有传福音的、有牧师和教师；为要成全圣徒，各尽其职，建立基督的身体。」五章二十三节说：「……基督是教会的头；他又是教会全体的救主。」主耶稣基督「他本来有上帝的形像，却不坚持自己与神平等（新译本），反倒虚己，成为人的样式，既有人的样式，就自己卑微，存心顺服，以至于死，且死在十字架上。所以神将他升为至高，又赐给他那超乎万名之上的名；叫一切在天上的，地上的，和地底下的，因耶稣的名，无不屈膝，无不口称耶稣基督为主，使荣耀归与父神。」（腓二6一11）职是之故，神使他作教会之首，有统治教会之权。他对教会的权威，乃从以下几点，表现出来。兹分论之：
1．他建立新约教会——马太福音十六章十八节（见上文所引），所以教会不是一般人以为乃由人自由组织的社团，只须会友同意，就可成立。此种见解，实属谬妄。因为主耶稣明明说：「我要把我的教会建造在这磐石上；阴间的权柄，不能胜过他。」
2．他制定浸礼与圣餐——马太福音二十八章十九、二十节说：「耶稣进来，对他们说：『天上地下所有的权柄都赐给我了。所以你们要去，使万民作我的门徒，奉父子圣灵的名，给他们施浸。』」（并参可一六15一16）哥林多前书十一章二十三至二十九节说：「我当日传给你们的，原是从主领受的，就是主耶稣被卖的那一夜，拿起饼来，祝谢了，就擘开，说：『这是我的身体，为你们舍的，你们应当如此行，为的是记念我。』饭后，也照样拿起杯来，说：『这杯是用我血所立的新约，你们每逢喝的时候，要如此行，为的是记念我。』你们每逢吃这饼，喝这杯，是表明主的死，直等到他来。所以无论何人，不按理吃主的饼，喝主的杯，就是干犯主的身、主的血了。人应当自己省察，然后吃这饼、喝这杯。因为人吃喝，若不分辨是主的身体，就是吃喝自己的罪了。」（并参路二二17一20）这种神圣的事，是没有人可以有权制定的，因为这是救主舍身流血，用他宝血的重价，救赎的恩功所定的圣礼。
3．他设立教会执事并赐权柄——所以门徒奉主的圣名行事讲道，大有能力；马太福音十章一节、十六章十九节说：「耶稣叫了十二个门徒来，给他们权柄，能赶逐污鬼，并医治各样的病症」；「我要把天国的钥匙给你，凡你在地上所捆绑的，在天上也要捆绑；凡你在地上所释放的，在天上也要释放」。约翰福音二十章二十一至二十三节说：「耶稣又对他们说：『愿你们平安。父怎样差遣了我，我也照样差遣你们。』说了这话，就向他们吹一口气，说：『你们受圣灵。你们赦免谁的罪，谁的罪就赦免了；你们留下谁的罪，谁的罪就留下了。』」以弗所书四章十一至十三节说：「他所赐的，有使徒、有先知、有传福音的、有牧师和教师；为要成全圣徒，各尽其职，建立基督的身体，直等到我们众人在真道上同归于一，认识神的儿子，得以长大成人，满有基督长成的身量。」
4．他乃一直亲自在教会——当教会举行崇拜聚会，又藉着执事们行事讲论之时，他终是亲身在他们中间。因为主耶稣基督是君王，所以他们的言行，都有他的权柄。马太福音十章四十节说：「人接待你们，就是接待我；接待我，就是接待那差我来的。」哥林多后书十三章三节说：「基督在你们身上不是软弱的；在你们里面是有大能的。」
主耶稣基督虽为万王之王，万主之主，但是他统治的方式，并非完全和世上的君王一样。他并不施用武力统治他的教会，质言之，他在主观方面，乃是藉着圣灵在教会里面施展他的奇工，而在客观方面则藉着他的话语，作为权威的标准。所有的信徒都应无条件的遵行他的话。主耶稣基督既为教会唯一的最高统治者；他的话也是唯一的有绝对意义的律法。因此一切专制的权力在教会里乃都是非法的。没有一个统治权可离开主耶稣基督而独立。准斯而论，则罗马「教宗」他自命为主耶稣基督在地上的代表（‘Vicar of Christ’「教皇」），乃用人为的制度废弃主的话，取代主的地位，实属大逆不道。他不但把人间的遗传和上帝的圣言——圣经，等量齐观，列在同样平等的地位，尤且僭妄的自称是无误的，他可以正确无误的解释遗传和圣经，作为信仰与德行的准则。「圣经与遗传可作间接的信仰的准则，但教会的教义，因有教宗的无误（Papal infallibility）作保证，则为直接的准则。」所以「教宗」的话，乃是上帝的话。殊不知主耶稣基督固然藉着他所设立的执事，施展他在教会的权能，但却绝非把他的权能，转让给他的仆人。主耶稣基督历世历代统治教会，但他乃施用他所设立的教会机构，施展他的作为。他们治理教会的权能乃是从基督来的，不是绝对的或是独立的。
于此有一个须加深思而微妙的问题，那就是究竟谁是教会权能最初的真正的主体？主耶稣基督究竟把他的权能最初交付给谁？罗马天主教和圣公会的答案是：这乃交付给执事，成为一种特别的阶级。和教会普通会友，分别起来，立于一种不同的地位。与此针锋相对的，则有一种所谓独立派（Independents），他们认为这种权能乃是赋与教会全体，而执事则仅为全体会友的机构。著名的清教徒神学家欧文氏（Owen）采取此说，仅稍加修正。若干改正宗神学家也赞同此说，但不附和独立派的主张。还有一种介乎两派之间的学说，照他们的见解，教会的权能乃由主耶稣基督赋与教会全体，此乃赋与一般会友和执事；惟除此以外，执事为着要施行他们的职务，需要加给他们某种程度的职权，俾能胜任他们的事工。前辈神学家常常说：「教会基本的权能（in actu prima）乃赋与教会全体；但是施行职务之权（in acto secumdo），则赋与那受特殊呼召之人。」代表此说者，乃有伏丢斯（Voetius）、彭耐曼（Bannnerman）、博都斯（Porteous）、巴文克（Bavinck）和季莱士比（Gillespie）等氏。
基督虽把权能赋与教会全体，但是对于教会代表机构，为着维护教会的教义，举行崇拜聚会以及施行教会纪律，又给他们特种的权能。这些代表和执事，乃由教会会众推选。但是这并非说：他们的权能乃由会众而来，因为此乃仅仅证实，主亲自对他们内在的呼召；这些执事乃是从主得到他们的权能，乃须对主负责。所以他们并非会众的代表或工具，更非为着实现会众的愿望，要在在仰承会众意旨；而乃负有神圣的使命，要领悟主的心意，把他的律法作明智的实施。但同时他们又须知道，主既把他的权能赋与教会全体，则凡在遇到重大问题的时候，他们也不可独断独行，而须虚心商讨获得会众的赞同。
此乃改正宗和长老会治理教会一个主要的教义。教会的权能并非首先属于最高宗教会议，然后以之赋予地方教会；教会的权能原来就属于地方教会会议和长老法庭，实在并非导源于最高宗教会议。改正宗制度乃尊重地方教会的自治权，保证他们有全权由他们执事治理他们的会务。同时地方教会又有权利与义务，在同一个信仰的基础和适当的条款上，为着教义裁判以及行政的目的，和别的教会联合起来，成为一个更大的组织。这一个更大的组织固然会使地方教会的自治权受到某种程度的约束；但在另一方面，却又可增进他们的福利，结果乃是使他们得益；并保证他们会友的权利，大家同心协力，共谋教会之合一。