关于教会治理的学说，大率可分六种：一为教友会的学说：二为伊拉斯派的学说；三为圣公会的学说；四为天主教的学说；五为公理会的学说；六为国教派的学说。兹分论之：
教友会（Society of Friends）。此派开祖为英人福克思（George Fox， 1624-1691），其宗旨乃在严守原始教义，认为得救非靠圣经，乃靠心灵，基督乃在吾心，教会与礼拜，均不可恃；唯有此心之光，能引领我们出黑暗而进入光明，使我们能知能行。此派摒除仪式；聚会的时候，仅事默祷，以为祈祷虔诚，可望圣灵降临。此派在英曾遭政府严禁，直至一六八八年，遂离开英国，来美布道，得宾州元勋宾威廉氏（William Penn）的支助，故于宾州裴城立足。裴城遂有Quaker City之称。其会友集合祈祷，全身战栗，故该派又称「战栗教友」（Quaker），此派主张万人平等，反对战争及世俗娱乐，甚至以为文艺亦有危险，应与远离。其教会不设祭司牧师，仅以长于讲演者为说教师。且复反对一切教会的治理，以为一切教会外表的组织会使教会没落，其后果就会反对基督教的精神。此派之误乃在重视人的因素，而漠视上帝的因素，以及上帝所赐超凡的大能；而以人的办法来掌管教会，以人的知能来代替圣灵的人能。因此他们以为组织有形的教会，不但无需，而且有罪。这派乃是对于英国「教阶组织制」的一个反动；乃带有神秘主义的色彩。但在美国则和英国不同，他们乃有正式按立的牧师，而且他们举行崇拜聚会的方式，乃和其他教会很多相似。
此派之名乃由伊拉斯都（Erastus， 1524-1583）而来。此派乃把教会视为一种社团，乃是照国家所订的规章而建立，并定其模式。教会的职员，仅为教师或传道人，他们对教会的治理，除非得自地方长官的交托，乃无权过问。易言之，治理教会，乃为国家的任务。国家且可施行纪律，开除教友。教会的谴责，乃为民事的处罚，教会法定的职员，仅可由政府委托，加以执行。这种学说，在英格兰、苏格兰，与德国的路德会多方应用。此说乃和主耶稣基督为教会元首的基本原则根本抵触，他们且复不知教会和国家在他们的渊源上，在他们主要目的上，在他们所运用的权力上，乃是不同的，而且各自独立的，
圣公会认为教会元首主耶稣基督已把治理教会之权交托给高级教士或主教们；他们且为继承使徒的，主乃任命这些主教，组成一个分开的，独立的，以及永久存在的教团。在这种制度之下，信徒的团体（coetus fidelium）乃是绝对无权治理教会的。在最初几个世纪，这乃是罗马天主教的制度，在英国这派乃和上述的伊拉斯派合在一起。但是圣经并不承认这种分开的高级职员的阶级有接立与管辖之权，他们也不代表他们的会众，也没有从他们取得职位。圣经清楚指示我们，使徒的职分并非永久的。使徒们虽有显著不同的，独立的地位，但是他们特殊的使命，并不是为管制和处理教会的事工。他们的责任，乃为到尚未道化的地方去传扬福音，建立教会，然后会众里面指派人员负起治理教会的使命。在第一世纪结束之前，使徒的职位就完全消失。
罗马天主教自以为他们不但是使徒的继承者，而且又为使徒彼得的接任者；彼得乃在使徒中居首位，所以现在他的接任者乃被认为主耶稣基督的代表。罗马教会乃有一种绝对君主政体的性质，统受无误的教宗（教皇）的管辖，他乃有权决定和规定教义并治理教会。在教宗之下，乃有各种下层阶级和教区，他们仅有普通恩赐（Common grace），他们的责任，乃为治理教会，要向他们的上级和最高首领「教皇」负严格的责任。他们的会众对于教会的治理，乃绝对无权过问。这种学说乃亦抵触圣经的教训，圣经并不承认彼得在使徒中居首位，所以天主教在这种基础上所建立的制度也与圣经不合；圣经乃承认会众对教会的事工是可加过问的。复次，罗马天主教认为他们的教会乃是从使徒彼得时候开始一脉相承的不断的绵延下来的，这乃和客观的史实并不相符。所以「教皇」制度无论在经义上，在历史上，乃都是没有根据，站立不住的。
公理会制度（Congregational System）亦称独立制度（the system of independence）。照这种制度，每一个教会或会众乃是一个完全的教会，乃是彼此独立的。在这种教会里面，治理教会之权，乃完全归于他们的会众，会众乃有权处理他们的事工。教会的职员乃仅系地方教会的办事员。他们乃被指派担任教导并处理教会的业务。除此以外，他们无权治理教会，他们乃是和其他会友一样。他们偶尔举行联合圣餐，这种团契，乃是为公共的利益，由于教会会议和地方或省区会议表达他们的意见。但是这些联合会议的作为，乃仅为提供意见，作为参考，对任何教会绝对没有拘束的力量。这种学说，主张大众治理教会，使教牧的职分完全依靠会众，乃当然不合上帝的圣言。复次，他们以为每一个教会和其他每一个教会乃是独立的，各不相谋的，此乃不能表达，「肢体彼此相顾」（林前一二25），以及基督教会合一的精神，势将贻各自为谋彼此分离的后果。
这又称为「柯利迦制」（Collegial System），此乃取代「地方制度」（Territorial System），乃在德国，尤其藉着柏夫氏（C. M. Pfaff， 1686-1780）发展起来。此制以后又推广到荷兰。此派认为教会乃是一种自动组合的社团，乃和国家相等。各地的教会乃仅为一个国家教会的一部分。教会原有的权力，乃属于国家教会。对于各处地方教会乃有管辖之权。这种制度乃和长老会制度，适得其反，照长老会的制度，原有之权乃属于「主教法庭」（Consistory）。「地方制度」承认国家乃有其固有的权力，可以改革公开敬拜的方式，可以判决关于教义和行为的争端；也可召开宗教会议。但是「柯利迦制」则仅把监督之权归属国家，认为这是其原有的权力；至于其他的权力，则由大家默认，或由一个正式的公约，授与国家，由其在教会行施。这种制度乃完全漠视地方教会自主之权，不顾教会自治和直接向主耶稣基督负责的道理，结果就让成一种呆板的形式主义，而使属灵的教会受形式与地域的束缚。这种制度乃颇似「伊拉斯制度」 （Erastian System见上文），而又与现代的极权国家意气相投！