教会在五旬节以前，已经有萌芽——重生得救的使徒们，藉着信心与主耶稣基督联在一起，在他的教导之下，同心协力的为他工作，那时已经开始有教会的组织。那时已有教会的会计（参约一三29）。他们既已成为一个身体，就举行第一次圣餐礼（太二六26一29）。为他们所有的意向与心意，他们就组织一个教会，虽尚未有完善的装备，但却有圣灵沛降灌浇（参使徒行传第二章），他们又推派牧师和执事。五旬节后的次日，教会成立，却还没有正式的职员。
使徒行传二章四十七节说：「主将得救的人天天加给他们。」使徒行传十九章四节说：「保罗说：『约翰所行的是悔改的浸，告诉百姓，当信那在他以后要来的，就是耶稣。』」主耶稣基督乃神人合一的具体表现，且成为上帝住在里面的真正的宝殿。所以当第一个信徒和基督联合之时，就成为教会的胚种与雏形。
著者任教的美国高敦神学院与高敦大学创办人与首任校长高敦氏（Dr．A. J． Gordon）在其所著的《圣灵的使命》一书中说：使徒行传二章四十一节所说的「于是领受他话的人，就受了浸。那一天，门徒约添了三千人」，照五章十四节至十一章二十四节所说，乃是「信而归主」，「归服了主」，并非加给教会。高敦校长又宣称这并非信徒彼此相交，而乃为信徒与基督彼此神圣的结合；这不是圣徒任意组织的社团，而乃为和其元首神圣的结合；所以这个结合乃是藉着圣灵，由元首亲自使其实现的。居普良（Cyprian）说：「谁无教会作他的母亲，谁就无上帝作他的父亲」这句话，乃是大谬不然。因为这样就使得救要靠教会，而非靠基督。台克斯德（Dexter）说，「剑桥论坛」把长老执事，视为寻常的职员，乃仅谋教会的福利（Well being），而非为教会本身（being），亦属谬妄。
费许氏（Fish）在其《教会论》一书中用一种类比论把教会分作三大时期；（1）为产前时期，那时的教会和有形有体的基督是不分开的，（2）为儿童时期，那时的教会已不在守护之下，就准备要有一个独立的生命，（3）为成熟时期，那时期的教会有他的教义与职员，准备自治。这三个时期，也可说是萌芽时期，开花时期和结实时期。在主耶稣基督十架受死以前，教会尚在萌芽时期。
教会在主耶稣基督升天以后，就受使徒们的守护教导，藉着教育的过程，就准备独立与自治。由于教义渐渐的无误的传授，由于使徒们口头与书面的教诲，我们可以确信无疑，教会就被渐渐并且无误的引导采取主耶稣基督教会组织的计划，推进教会的事工。还有同样的圣灵的应许，使新约圣经成为无误而完备的，无论何时何地的教会信仰和行为的准则。
约翰福音十六章十二至二十六节这一段圣经，可以简单的说，乃为圣灵要渐渐引导进入一切真理的应许。我们把使徒保罗的书信，加以循序的分析，就可以看到他对教会体制与教义所讲的道理，乃是渐趋明确的。在教会最初的时候，其重点乃在教训，非在组织。到了以后，他的思想就重在教会的组织；但是甚至他最初的书信里面，我们也可发现思想的萌芽，以后则渐形发展。兹将其书信，依看年代的先后，分别列于后：
1．帖撒罗尼迦前书五章十二至十三节（主后五十二年）——「弟兄们，我们劝你们敬重那在你们中间劳苦的人，就是在主里面治理你们、劝戒你们的。又因他们所作的工，用爱心格外尊重他们；你们也要彼此和睦。」
2．哥林多前书十二章二十八节（主后五十七年）——「神在教会所设立的：第一是使徒；第二是先知；第三是教师；其次是行异能的；再次是得恩赐医病的；帮助人的；治理事的（这是牧师所需的）；说方言的。」
3．罗马书十二章六至八节（主后五十八年）——「按我们所得的恩赐，各有不同。或说预言，就当照着信心的程度说预言，或作执事，就当专一执事；或作教导的，就当专一教导；或作劝化的，就当专一劝化；施舍的，就当诚实；治理的，就当殷勤；怜悯人的，就当甘心。」
4．腓立比书一章一节（主后六十二年）——「基督耶稣的仆人保罗和提摩太写信给凡住腓立比、在基督耶稣里的众圣徒，和诸位监督，诸位执事。」
5．以弗所书四章十一节（主后六十三年）——「他所赐的，有使徒，有先知，有传福音的，有牧师和教师。」
6．提摩太前书三章一至二节（主后六十六年）——「『人若想要得监督的职分，就是羡慕善工。』这话是可信的。作监督的，必须无可指责。」对于这最后一节经文，胡德氏（Huther）说：「保罗最初乃注意教会的合一。以后才把教会的首领显明出来。这并非说教会在最初的时候无人领导；乃仅因以后教会的情况，必须重视教牧的职位与事工。」
麦祺弗氏（McGiffert）把保罗书信的日期提早，例如帖撒罗尼迦前书乃为主后四十八年；哥林多前书乃为主后五十一，五十二年；罗马书乃为主后五十二，五十三年；腓立比书乃为主后五十三至五十八年；以弗所书乃为主后五十二，五十三年（或五十六至五十八年）；提摩太前书为主后五十六至五十八年。是甚至在保罗最早书信以前，乃有雅各书，这约写在主后八十八年，雅各书五章十四节说：「你们中间有病了的呢，他就该请教会的长老来；他们可以奉主的名用油抹他，为他祷告。」他写这信，乃在主耶稣基督离世后二十年之间，可见在那个时候，已经有教会组织确定的模式。
关于主耶稣的门徒们究竟在他们教会的组织上，采用多少犹太人会堂的模式，尼安特（Neander）曾有著述，可供参考。无可置疑的，教会的牧师职乃为采用犹太人会堂长老职的结果。在犹太人会堂里面，长老们委身于圣经的研究与阐扬。犹太人会堂大家相聚一堂，虔心祈祷，并且施行纪律。他们在治理方面，采取民主的方式，尊重彼此的独立自由。会友选举职员乃采用希腊民众聚会的方式。但是爱特馨氏（Edersheim）则认为犹太人会堂长老的选举，乃是靠会众的选择。泰尔默氏（Ta1mud）说：「被选的教会首领若非与会众商讨，便不能管辖会众。」
信徒不论有多少，只要遵照主耶稣基督在新约里所规定信仰与实践的准则，就可组织教会，大家联合起来一同敬拜事奉。这事最好先举行一个众教会的会议，和他们商议，提供意见，然后组织一个新的地方教会。但是这种商议，虽是重要，乃仅为集思广益，各陈所见，并非直接组织教会；即使没有这种商讨会议，那些信徒的团体，只要遵照新约的先例，作为模范，仍然可以组织一个真正基督的教会。复次，如果在外邦国家，有一群悔改归主的信徒，也可以由他们推举一人，为其馀的人施浸，组织一个新约教会。
使徒行传十一章十九至二十六节说：「那些因司提反的事遭患难四散的门徒直走到腓尼基和居比路，并安提阿。他们不向别人讲道，只向犹太人讲。但内中有居比路和古利奈人，他们到了安提阿也向希利尼人传讲主耶稣。主与他们同在，信而归主的人就很多了。这风声传到耶路撒冷教会人的耳中，他们就打发巴拿巴出去，走到安提阿为止。他到了那里，看见上帝所赐的恩就欢喜，劝勉众人，立定心志，恒久靠主。这巴拿巴原是个好人，被圣灵充满，大有信心，于是有许多人归服了主。他又往大数去找扫罗，找着了，就带他到安提阿去。他们足有一年的工夫和教会一同聚集，教训了许多人。门徒称为基督徒，是从安提阿起首。」这使我们看到，安提阿教会，显然乃是自己建立，自己掌管的。那里除了悔改归主的人以外，并不是有权势的人被请起来建立教会和组织教会。照这段圣经的提示，这乃是因「主与他们同在」，和「上帝所赐的恩惠」（徒一一21、23），这个发动力乃起自归主起信的个人，他深感有责，应当遵奉基督的命令，无人可以推卸其责。
他们可以推选自己的职员。教会会议没有权组织教会。倘使上帝能从石头里兴起亚伯拉罕的子孙；他当然也能从由他拯救悔改归信的信徒中兴起牧师和教师来。
马丁路德引证海经巴氏（Hagenbach）在其所著的《教义史》一书中的话说：「倘使有一个平信徒的集团被掳以后，送到沙漠里去，在他们中间没有祭司，但是大家同意，推选一位可为他们施浸，举行圣餐，求告赦罪，传讲福音，这一位祭司乃就似由主教和教宗所按立的，完全一样的。」