教会组织的性质可分三点来说：一为教会的会友；二为教会的目的；三为教会的律法，兹分论之。
地方教会正式的会友，乃是重生得救的人。只有已经先与主耶稣基督联在一起的人。使徒行传二章四十七节说：「主将得救的人，天天加给他们。」五章十四节说：「信而归主的人越发增添。」哥林多前书一章二节说：「哥林多上帝的教会，就是在基督耶稣里成圣，蒙召作圣徒的，以及所有在各处求告我主耶稣基督之名的人；基督是他们的主，也是我们的主。」
教会的会友既以重生得救的人为限，就产生以下三种的果效：1．促进与主的关系；2. 会友乃彼此平等；3．教会乃彼此平等。兹分论之：
1．促进与主的关系——每一个会友既都属主，乃以主为至上，教会乃是一个身体，都承认基督是唯一立法者。每一个信徒与教会的关系，并非取代，乃为促进并表现其和基督的关系。
约翰壹书二章二十节说：「你们从那圣者受了恩膏，并且知道这一切的事」。尼安特氏说：「每一个信徒，乃受圣灵的恩膏，不应当把他自己放在任何教师或人底下，此乃抵触他本有的权利……。」所以有些教牧，把他取代教会以及教会的事工与敬拜，而不负领导之责，乃是不当的。有些宣教士把他所带领归主的人，一直像孩子般加以守护，不知适可而止，乃不合新约教会组织的道理，也不合主耶稣的教训。主耶稣乃注重对门徒的训练教导，使他们能运用他们的自由，负起他们应负的责任。麦考莱氏（Macaulay）说：「唯一医治自由之病的方法，还是自由。」爱特温史密斯（Edwin Burritt Smith）说：「有一个比优良治理更好的办法，乃为自治。」能够自治的人和一个能够自治的教会，结果就会得好的治理。而一个一直守护他们会友的所谓好的治理（Good Goveannceub），结果将使好的治理永难实现。
诗篇一百四十四篇十二节说：「我们的儿子，从幼年好像树栽子长大；我们的女儿，如同殿角石，是按建宫的样式凿成的。」我们对会友须加鼓励造就，使他有在其本性里的独立性，而完完全全依靠基督。教牧最神圣的责任，乃是要使他的教会能够自治与自养；而其成功最好的测验，则乃在他离开教会或离世以后，其教会仍能存在且兴旺发展。这种牧会的工作乃需要自我牺牲与自我隐藏；不求自己的益处，不求自己的荣耀。但是有些教牧自然的趋向，不免要滥用自己的职权，希望高升，成为主教。在他里面乃有一位跃跃欲起的「教皇」。为要得其会众的支持，他就卑躬屈节，不傲慢自大；但教会若有所建树，他就志高气昂，自负不凡。为要医治这两种病态——奴性与傲气，唯有常常念兹在兹，谦卑束腰，忠心耿耿；尊主为大，高举基督，增强与主的关系。
2．会友乃彼此平等——每一位重生得救的信徒，既承认彼此都是在主内的弟兄姐妹，则大家乃都站在绝对平等的地位。主耶稣在马太福音二十三章八至十节说：「你们不要受拉比的称呼，因为只有一位是你们的夫子，你们都是弟兄；也不要称呼地上的人为父，因为只有一位是你们的父，就是在天上的父；也不要受师尊的称呼，因为只有一位是你们的师尊，就是基督。」
约翰福音十五章五节，主耶稣又说：「我是葡萄树，你们是枝子。常在我里面的，我也常在他里面，这人就多结果子；因为离了我，你们就不能作什么」。其中没有一根枝子，超越其他枝子，即或有一根枝子，因所生的地位较优，因此就较为发展，结果子也较多，但是种类乃都是一样，乃都从一个根源得到生命，离开了根，就都不能结果子。「这星和那星的荣光，也有分别」（哥林多前书十五章四十一节），但乃都是照在同一个天空，且都是从同一个日头得到其光。彼得前书五章一至四节说：「我这作长老、作基督受苦的见证、同享后来所要显现之荣耀的，劝你们中间与我同作长老的人：务要牧养在你们中间神的群羊，按着神旨意照管他们；不是出于勉强，乃是出于甘心；也不是因为贪财，乃是出于乐意；也不是辖制所托付你们的，乃是作群羊的榜样。到了牧长显现的时候，你们必得那永不衰残的荣耀冠冕。」
康士坦丁虽为罗马君皇，但是他却认为他做基督教会会友的地位，乃比他罗马帝国元首的地位，更为高贵。无论是教会或是其教牧，都不应当依靠他们会众里没有重生的会友。但是有很多教牧的处境，乃非常可怜，亦复可悲，好比一个驯养狮子的人，他的头乃在狮子的口里面；乃完全受制于人，要仰人鼻息。一个教牧依靠他所教导的属灵的团体，乃是和他的尊严与忠心都是无损的，且是正当的；但是倘使他仰仗那些并非真正信徒，且他们乃出自世俗的动机，用世俗的方法，来干涉教会的事，则其后果，必将摧毁其事工一切属灵的果效。一个教牧，切不可趋炎附势，对每一个会友要一视同仁，彼此平等，且要接着正意，传扬纯正福音，阐发基督圣道的真谛。
3．教会乃彼此平等——每一地方教会乃直接属于主耶稣基督，受他的管制，没有一个教会对另一教会有管辖权。所以每一个教会所站的地位，乃是平等的；而且独立自由，不受政权的干与和支配。
主耶稣在马太福音二十二章二十一节说：「该撒的物当归给该撒，上帝的物当归给上帝。」使徒行传五章二十九节：「彼得和众使徒回答说：顺从上帝，不顺从人，是应当的。」每一信徒乃和主耶稣基督有切身的关系，所以甚至教牧如果要介在信徒和基督之间，乃为不忠于主，且复有损于他的灵命。如果教会要想把另一个教会受制于他或联在一起的教会；甚或要使教会受国家的奴役，那就更要受到指责。浸信会有一个著名的教义，就是主张在基督之下，良心乃是绝对自由的。这乃正如罗马书十四章四节说：「你是谁，竟论断别人的仆人呢？他或站住，或跌倒，自有他的主人在；而且他也必要站住，因为主能使他站住。」英国哲学家陆克（John Locke）在美国独立百年之前说：「浸信会会友乃是最初唯一倡导绝对自由，公正的与真正的自由，和平等的与无私的自由之人。」彭可乐夫（George Bancroft）论威廉氏（Roger William）说：「他乃是近代基督教国家倡导对宗教良心自由学说的人，良心自由最初乃是浸信会会友的战利品，他们的历史，乃是用鲜血写的！」
浸信会认为国家的本分，乃完全是世俗的、民事的，至若关乎宗教的事，则完全在其管辖权之外。但是为着经济问题，又为维护他自己的政权，也会保证其人民宗教的权利，并且免除他们纳税的负担，如同准许学校和医院一样。霍盖瑛氏（Hall Caine）在其《基督徒》（The Christian）一书中说：「国家不是柱子，乃为毛虫」（前者为“pillar”，后者为“Caterpillar”，乃为谐音，译成中文，则无甚意义），倘使他越过其权力的范围，强逼或禁止某种有关宗教的学说或教义，那就将丧尽国家的命脉。那时罗马天主教在美国罗德岛州（Rhode lsland）就被指责曾剥夺这种权利。以斯拉记八章二十二节说：「我求王拨步兵马兵，帮助我们抵挡路上的仇敌，本以为羞耻；因我曾对王说，我们神施恩的手，必帮助一切寻求他的；但他的能力和忿怒，必攻击一切离弃他的。」诚可作历世历代教会的模范。教会虽理当请国家保护他们教拜神的权利，因为他们会友乃是国家的公民；但是一个有组织的教会，倘靠国家供应其收入，乃为可耻的事。
教会唯一之目的乃为荣耀上帝，建立上帝的国度，这个国度，一方面乃在信徒的心里，一方面乃在世界。
要达成这个目的1．应共同敬拜；2．应彼此劝勉；3．应道化世界，兹分论之：
1．共同敬拜——此乃包括祈祷与教导。希伯来书十章二十五节说：「你们不可停止聚会，好像那些停止惯了的人，倒要彼此劝勉，既知道那日子临近，就更当如此。」一块烧着的炭火，很快就会息灭，如果很多的炭聚在一起，那就会成为狂盛的火焰。语云：「独木不成林」；又云「孤掌难鸣」；团结发生力量。有些人努力自修，不进高等学府进求深造；也有些人自己灵修，不到教会；但是他们的人数不多，且究非学业深造，灵性长进最善之道。
2．彼此劝勉——帖撒罗尼迦前书五章十一节说：「所以，你们该彼此劝慰，互相建立，正如你们素常所行的。」希伯来书三章十三节说：「总要趁着还有今日，天天彼此相劝，免得你们中间有人被罪迷惑，心里就刚硬了。」教会存在，其目的乃在（1）有理想，（2）能策动，（3）能发挥潜能。正如面团须有酵母，始能发涨，教会也需生命的潜力，始能发挥感化的力量。如果把一盏不发光的灯，拿到别的地方去，也是不会发光的；要在远方发光，先要在本处发光。主耶稣说：「你里头的光若黑暗了，那黑暗是何等大呢！」（太六23）
3．道化世界——主耶稣升天以前，对门徒说：「天上地下所有的权柄都赐给我了。所以你们要去，使万民作我的门徒。」（太二八18、19）主耶稣又对他们说：「你们往普天下去，传福音给万民听。信而受浸的必然得救，不信的必被定罪。」（可一六15一16）使徒行传八章四至五节说：「那些分散的人往各处去传道。腓利下到撒玛利亚城去，宣讲基督。」哥林多后书八章五节说：「并且他们所作的，不但照我们所想望的，更照神的旨意先把自己献给主，又归附了我们。」犹大书二十三节说：「有些人你们要从火中抢出来，搭救他们；有些人你们要存惧怕的心怜悯他们。」在南洋安内亭（Aneityum）基督教会的墙壁上为着记念在那里开荒布道的约翰盖第博士（John Geadie），刻着这些话：「当他初到此地之时，那地没有一个基督徒；但当他离开的时候，连一个异教徒都没有了。」他已经完全道化该地。在英国伦敦西敏寺教会在李文斯东（David Livingstone）的墓碑之上，刻了这些话：「他四十年努力不倦，道化各地的士著，探究没有发现的隐藏，废除中非洲惨无人道的阪卖黑奴的制度，最后又加上他自己最后的话，我在荒蛮之地，孤军奋斗，最后我要加上这几句话，但愿天上最丰富的福乐降给美国、英国，或土耳其每一位帮助医治创伤痛苦之人」。
教会的律法，无非乃为基督的旨意，由圣经加以表达，并由圣灵加以阐发。律法所定的，乃为关于（1）教会会友的资格；以及（2）会友应负的责任。兹分论之。
1．会友的资格——会友的资格，乃有两大要件，一为重生，二为受浸，即为属灵的新生与礼仪的新生；乃要将内在的生命与外存的生命完全顺服基督；灵命要归入基督。与基督联合交契，与他一同受死，一同复活；又藉着浸礼向世人宣称，与基督一同埋葬和一同复活。主耶稣说：「我实实在在的告诉你们，那听我话，又信差我来者的，就有永生，不至于定罪，是已经出死入生了。我实实在在的告诉你们，时候将到，现在就是了，死人要听见神儿子的声音，听见的人就要活了。」（约五24一25）主耶稣又说：「复活在我，生命也在我，信我的人，虽然死了，也必复活。凡活着信我的人，必永远不死。你信这话吗？」（约一一25一26）罗马书六章三至八节说：「岂不知我们这受浸归入基督耶稣的人，是受浸归入他的死吗？所以我们藉着浸礼归入死，和他一同埋葬，原是叫我们一举一动有新生的样式，像基督藉着父的荣耀，从死里复活一样。我们若在他死的形状上与他联合，也要在他复活的形状上与他联合……。我们若是与基督同死，就信必与他同活。」
2．会友的责任——每一会友，从圣经里面，看到基督的旨意，就有权自己决定，用他的才学对主直接负责，为主所用，并且要服从基督的命令。
教会的权限，其范围如何，未可一概而论。一则对于会友的饮食，当然不应干涉（有些宗派对于某种饮食，乃有禁忌）；二则不能规定应当参加何种社团；三则不能为其选择配偶；四则也不可为其决定应该从事何种事业。此外对于社会应兴应革的事，乃无权直接干与，而对于政治运动尤不应介入，或偏护任何一方。但此乃就教会整个有组织的团体而言。至若就教会会友个人的身分而言，则他乃为国家的公民，天下兴亡，匹夫有责。圣经也晓谕我们。「我劝你，第一要为万人恳求、祷告、代求、祝谢；为君王和一切在位的，也该如此，使我们可以敬虔端正，平安无事的度日。这是好的，在神我们救主面前可蒙悦纳。」（提前二1－3）准斯而言，则信徒，教会的会友，对于上述那些事乃应负起他们的责任，作实际的活动。但是教会方面，也应发挥她的功能，在真道上，心灵上，造就他们，准备他们，激励他们，使他们能够胜任他们的工作，造福社会，福国利民。从这点意义上说：教会的事工乃可影响所有人类的关系；而其久远的福泽乃不限一个国家，且要惠及普世，大道流行，如日月经天，江河行地。
美国林肯总统尝谓：「这个国家，不能一半自由，一半奴役」——意指另外一半必要推翻另外一半，彼此之间，乃有一种压抑不住的冲突斗争。犹如我国成语说：「汉贼不两立」，「水火不相容」。所以世界上基督和敌基督，两大力量也是如此，亚力山大特夫氏（Alexander Daff）说：「一个不传福音的教会，则就不复为福音派教会」，我们还可以进一步说，如果一个教会不再是福音派的教会，则那个教会，就要名存实亡！新英伦的先祖说：「把福音广传到世界边远之区，就要作继起之人的踏脚石。他们没有想到，他们的信心会成为大西方的特性。教会与学校一同发展起来。主耶稣基督是世界的救主，但是救世不能单靠基督一人，我们都要群策群力。」奏善多夫氏（Zinzendorf）称他的团体乃是「芥菜种协会」（The Mustard-seed Society）他这个名称，乃是根据马太福音十七章二十节。主耶稣基督的话：「……我实在告诉你们，你们若有信心像一粒芥菜种，就是对这座山说：『你从这边挪到那边』，它也必挪去；并且你们没有一件不能作的事了。」汉门氏（Harmann）在其所著《信心与德行》一书中说：「基督圣道所以能够继续存在，不是藉着何种以为可以不朽之物，而乃因为一直有那些不离圣经，遵从主的引导，见证主耶稣基督，有充分的勇气，舍己为人，不怕牺牲的人。」