教会的组织乃是一个既存的事实，即使没有关于这方面的写作，没有关于会友的记录名单或是正式推选的职员，她乃照样存在。凡此乃仅可作证明，可资提示，且可有助于组织，但并非组织的要素。教会组织既存的事实，不仅是非正式的，而乃为正式的组织，此在新约里面，乃有许多事例，可以证明，就其要者而言，例如：
1．关于聚会——使徒行传二十章七节说：「七日的第一日，我们聚会擘饼的时候，保罗因为要次日起行，就与他们讲论……。」希伯来书十章二十五节说：「你们不可停止聚会，好像那些停止惯了的人，倒要彼此劝勉。」
2. 关于选举——使徒行传一章二十三至二十八节说：「于是选举两个人，就是那叫作巴撒巴，又称呼犹士都的约瑟，和马提亚。众人就祷告说：『主啊，你知道万人的心，求你从这两个人中，指明你所拣选的是谁……。」六章五至六节又说：「……就拣选了司提反，乃是大有信心、圣灵充满的人；又拣选腓利、白罗哥罗、尼迦挪、提门、巴米拿，并……尼哥拉。」
3．关于职员——腓立比书一章一节说：「基督耶稣的仆人保罗和提摩太写信给凡住往腓立比、在基督耶稣里的众圣徒，和诸位监督，诸位执事。」
4．关于教牧——使徒行传二十章二十节保罗说：「圣灵立你们作全群的监督，你们就当为自己谨慎，也为全群谨慎，牧养神的教会，就是他用自己血所买来的。」
5．尊重教牧——马太福音十八章十七节说：「若是不听他们，就告诉教会；若是不听教会，就看他像外邦人和税吏一样。」
6．关于纪律——哥林多前书五章一、五、十三节说：「风闻在你们中间有淫乱的事……，要把这样的人交给撒但，……你们应当把那恶人从你们中间赶出去。」
7．关于捐献——罗马书十五章二十六节说：「因为马其顿和亚该亚人乐意凑出捐项；给耶路撒冷圣徒中的穷人。」哥林多前书十六章一至二节说：「论到为圣徒捐钱，我从前怎样吩咐加拉太的众教会，你们也当怎样行。每逢七日的第一日，各人要照自己的进项抽出来留着……。」
8．关于荐信——使徒行传十八章二十七节说：「他（亚波罗）想要往亚该亚去，弟兄们就勉励他，并写信请门徒接待他，他到了那里，多帮助那蒙恩信主的人。」
9．关于照顾寡妇——使徒行传六章一节说：「有说希利尼话的犹太人向希伯来人发怨言，因为在天天的供给上忽略了他们的寡妇。」提摩太前书五章九节说：「寡妇记在册子上，必须年纪到六十岁……。」
10．关于浸礼——使徒行传二章四十一节说：「于是领受他话的人就受了浸……。」
11．关于风俗惯例——哥林多前书十一章十六节说：「若有人想要辩驳，我们却没有这样的规矩，神的众教会也是没有的。」
12．关于教会规矩——哥林多前书十四章四十节说：「凡事都要规规矩矩的按着次序行。」歌罗西书二章五节说：「我……见你们循规蹈矩，信基督的心也坚固，我就欢喜了。」
13．关于教会会友——马太福音二十八章十九节，主说：「所以你们要去，使万民作我的门徒，奉父子圣灵的名，给他们施浸。」使徒行传二章四十七节说：「主将得救的人天天加给他们。」
14．关于主的圣工——腓立比书二章三十节说：「因他为了基督的工作（新译本），几乎至死，不顾性命，要补足你们供给我的不及之处。」
新约指示我们，教会组织的发展，在主耶稣基督上十字架以前，教会尚在其萌芽时代；我们应加注意，自四福音到使徒书信，有各种改变的名称。在四福音书里，信从基督的乃通称为「门徒」，但在使徒书信里面，就不见此名称；只见「圣徒」，「弟兄」或「教会」。基此而论，我们可以看到近代乃有两种不合圣经的谬论。兹申论之：
1．教会乃完全是灵体——这一派的人以为教会乃完全是一种灵体，并没有外形的组织，只是藉着每一信徒和他内在的主，彼此的关系，大家联合在一起。
照这种学说，则教会乃仅为许多孤立单位的集合体。那些信徒偶然一起聚在一个特定的地区，或是偶尔同住在一个时间，就构成在那地那时的教会。这种意见，乃由教友派会员（Friends）和普里木斯教友会（Plymouth Brethren）所主张。此说乃混淆有形教会和无形的教会，且又违反圣经的道理。
有形教会里面乃包含若干并非真正的信徒。使徒行传五章一至十一节就晓谕我们，在有形教会里面就有那种不是真诚无伪的信徒。哥林多前书十四章二十三节说：「……全教会聚在一处的时候……有……不信的人进来。」腓立比书三章十八至十九节使徒保罗更沉痛的说：「有许多人行事，是基督十字架的仇敌。我屡次告诉你们，现在又流泪的告诉你们：他们的结局就是沉沦」！
普里木斯教友会诚恐教会组织会变成机器，所以不爱组织，他们又怕牧师会变为主教，所以又反对按立牧师。他们又反对为圣灵祈祷，因为圣灵已于五旬节降临；殊不知教会乃确在五旬节后祈祷；使徒行传四章三十一节说「祷告完了，聚会的地方震动，他们就都被圣灵充满，放胆讲论神的道。」圣灵乃是无处不在的，我们说圣灵降临。无非乃是他的彰显而已，该会实无反对祈祷之理由。路加福音十一章十三节说：「你们虽然不好，尚且知道拿好东西给儿女；何况天父，岂不更将圣灵给求他的人吗？」此语乃尤见明切。
普里木斯教友会要废除一切的组织与教派，把基督教界联合起来，却由他们自己建立了一种新的教派，且心胸更为狭窄严酷，敌视其他的教派。但是人类的本性，总是有组织的倾向。甚至普里木斯教友会，也经常聚会，结果也变成一种组织。不但违反他们自己反对组织的主张，且复变本而加厉。若干教师和首长且被默认为组织之职员；各种委员和规章也不知不觉被采用，藉此推进事工。此外甚至他们中间有一位作者说，那时天下的人口音、言语，都是一样，他们往东迁移，在士拿地建造一座城和一座塔，塔顶通天，目中无神，为要传扬他们自己的名，上帝为着「审判」，在那里变乱他们的口音，使他们的言语，彼此不通，于是耶和华使他们从那里分散在全地（参创一一章）。但是他却不知由于上帝的「恩典」，到了五旬节，门徒都聚集在一处；忽然从天上有响声下来，像一阵大风吹过，充满了他们所坐的屋子；又有舌头如火焰显现出来，分开落在他们各人头上，他们就被圣灵充满，按着圣灵所赐的口才，说起别国的话来，彼此又言语相通（参徒二章）。最后上帝彰显他的「荣耀］，有许多的人，没有人能数得过来，从各国各族，各民，各方来，站在宝座和羔羊面前，身穿白衣，手拿棕树枝（用同一种方言），大声喊着说：愿救恩归与坐在宝座上 我们的上帝，也归与羔羊（参启七章）
《民族襟志》在一篇文章里写着说：人类每一位，都需要有人领导他们，如果没有，他们自己也要推选一位。一个在五十个人以上的团体，如果要相处，必须推选一位首长，给他权柄，执行规律，维持纪律秩序。甚至社会主义者和无政府主义者，也有他们的首领，但是他们的首领，时常独断独行，任作妄为，用高压手段，逼害人民。阿博德氏（Lyman Abbott）说：「真正信徒的社团，乃如世界最大的河流，乃是没有堤岸的；乃起自墨西哥湾；沿着我们的海岸，涌流到大西洋，直到欧洲海岸，在它接触之处，就结出爱的花果来。杏子和无花果，乃都证明其丰饶的性能。此乃由其自己分子的热力结合在一起。」这乃为说明无形教会很好的例证。有形教会固然必须和没有重生的人分别开来；但其内在的本质与性能却必然令其要有组织。
威廉黎特博士（Dr. Wm. Reid）在其所著《普里木斯教友主义的真相》一书中分析该会的教会原理，特列举以下六点：（1）在五旬节前，教会并未存在；（2）有形教会与无形教会乃是相同的；（3）只有一个上帝的会；（4）圣灵的主宰；（5）反对人为的事奉；（6）没有管制的教会。除此以外，还有以下十种异端：（1）基督属天的人性；（2）否认基督的义；仅视为对律法的遵从；（3）否认基督义的转嫁；（4）在复活基督里称义；（5）基督受苦，并非救赎；（6）否认生活准则的道德律；（7）主日不是安息日；（8）至善说：谓人在今世可以达到道德完善境界；（9）圣徒秘密被提，与基督同在；（10）前千禧年说。
2．教会无一定的模式——此派认为教会在新约里面并没有一定组织的模式，每一信徒的集团可照其环境和情况作权宜的处理。
这种意见，教会史家尼安特氏（Neander）在某方面虽似表赞同，认为在教会历史逐步改进发展上，此乃易起的事态；但他又谓一个确当的历史发展的学说，不应当排除教会组织的观念。此派之误乃在过分张大新约教会在实施方面的不同；而反估低并藐视神所指示的教会和合之方法。