教会论的历史，大率可分两大时期：一为改教运动以前；一为改教时期和以后。兹分叙之。
这又可分1．初期教父时期和2．中古时期：
1．教父时期——承使徒馀绪的初期教父以及辩道学者，他们乃把教会视为至圣所，上帝的子民乃为上帝特选的产业。当初还没有必要把圣徒特别标明出来。到了第二世纪的下半期始有显著的改变。那时异端猖獗，就不能不把真正圣而公的教会的特征标明出来。这就要注意教会外在的表征。教会就被认为是一种外在的制度，由主教管辖，好比是使徒直接的继任者，持有其真正的圣传（Tradition传统）。他们强烈的偏重教会的普遍性；地方教会被视为许多分开的单位，仅为一个普世教会的一部分。因此教会日趋俗化而败坏。其弊所及，就发生一种反动，各种的邪道就乘时横决：其一为第二世纪中期的孟他努主义（Montanism）；其二为第三世纪中期的诺洼天主义（Novatianism）；其三为第四世纪初期的多纳徒主义（Donatism），一味均以教会会友的圣洁作为真教会的标记。初期教父为着与这些邪道斗争抗辩，就日形加强教会的主教制度。居普良（Cyprian）乃被誉为最初发扬主教教会学说的人。他认为主教乃为使徒真正继任者；因着他们舍身牺牲的工作，说他们有祭司的品德。他们组成一种社团，称为主教团，这就造成教会的合一；而教会的合一，乃是根据主教的合一。如果有不顺从主教的，那就要丧? 怯虢袒岬耐牌酰挥忠蛟诮袒嵋酝饷挥芯榷鳎蔷鸵虼艘惨ニ堑木榷鳎“鹿潘苟《杂诮袒岬墓勰睿⒉煌耆还幔捎谒投嗄赏街饕宥氛顾杂诮袒岬男灾首鞲嗟纳钏肌Ｒ环矫嫠硎舅宋ざ壅撸≒redestinatian），他认为教会乃是被拣选者的集团（Communio Sanctorum）；谁有上帝的灵，因此真诚的爱心就在他身上表彰出来。圣徒在教会并非虚有其表的会友，而乃是一个有生命的成员。现在的教会乃是良莠不齐，真正的教会乃是圣而公之教会，藉着主教的继承，使徒的权威得以继续持承，教会乃为上帝恩惠的宝库。
2．中古时期——烦琐哲学或称经院哲学家对于教会的学说，甚少论及，此乃由居普良和奥古斯丁，加以发挥，相当全备；但须再稍加修正，始能臻于尽善。罗马天主教的历史学家郎敦氏（Otten）说，这种学说，初乃由中世纪烦琐哲学家肇其端。在天德会议（Council of Trent）以后即交卸给他们的继任者。但是在若干点上，以后也偶加发挥。教会论虽未在那时有所阐发，但教会本身事实上却大有发展。其发展的种子乃为居普良的教会观；在某方面可以奥古斯丁为代表，教父的意见，被大家漠视。这并非说烦琐哲学家完全否认属灵的因素，而乃是因为他们未加重视。他们乃把教会视为一种外在的组织或制度。嚣俄（Hugo of St.Victor）认为教会和国家，乃是上帝为着统治人民而制定的两大权能；但是教会的任务乃为拯救世人，所以乃有更高的权威，国家乃仅谋世人现世的福利。君王乃为国家的元首，但是教皇乃是教会之首。教会里面乃有两种人，各有其妥为规定的权利与义务：一种是牧师，乃是奉献事奉上帝的，组成一个单位；另一种乃为平信徒，乃由各界的人构成，在教会里乃是另外与牧师不同阶级的人。这样就使教皇制度的学说一步一步发展，结果乃使教皇成为一个绝对的君王。这种学说乃由天主教另外一种学说的推动，遂相得益彰，认为天主教会乃是上帝在地上的国度，所以罗马主教的管辖区，就是在地上的国度。这种把有形的有组织的教会和上帝的国度等量齐观，视为一物，乃发生许多重大的影响；（1）这就必令家庭与学校、科学与文艺、商业与工业、……等，都要受教会的管制；（2）世人一切得救的祝福，乃都由罗马教会的法令，尤其是圣礼而来；（3）这乃使罗马教会日趋世俗化，因为他们把政治比拯救罪人更为重视，最后教皇要主宰世上的统治者。
兹分改教运动时期和改教运动以后两点，分叙如后：
1．改教运动时期——改教运动者与罗马天主教对教会的观念，完全分裂，但是他们自己中间，在若干问题上，也有不同的意见。路德对于无误的、教职阶级制的教会，特殊祭司职，用圣礼施行救恩，都表示赞同。他认为教会乃是基督信徒属灵的团契。他恢复所有信徒的祭司职。他维护教会合一论，但把教会分作有形的与无形的两种。惟他又审慎的指出，这并非两个教会，乃仅为同一个教会的两面。无形的教会成为有形的，并非由于主教和红衣主教的统治，也非由于教皇的领导，而乃由于遵行上帝的道。路德也承认有形的教会里面的成员，乃是良莠不齐的，有敬虔的，也有邪恶的分子。但是在他反对罗马天主教以教会统治国家一点上，他又趋于极端，教会除了传扬主道以外，必须顺服国家。再浸礼派（Anabaptists）不满路德之说：他们又复藐视有形的教会以及上帝赐恩的方法（Means of Grace神恩的媒介）。复次，他们又要将教会和国家绝对分开。
加尔文与改正宗神学家，和路德一致认为教会乃为圣徒的团契（Communio Sanctorum），不过他们乃不同路德宗那样，注重教会客观的条例和仪式；他们乃靠信徒主观的交契，以求教会的合一与圣洁。他们也把教会分为有形的与无形的两面，但是分法乃稍有不同。复次，他认为教会真正的标记，非仅在谨守遵行主的道，而复在忠实的持守履行教会的纪律。但是十七世纪的改正宗神学家虽有一种意念，认为教会要顺服国家；可是他们乃不同路德宗，他们已经建立一种教会行政的方式，使教会有高度的自由和权能。但是无论是路德宗和改正宗神学家，乃都期望维持有形教会与无形教会之间正当的关系。十七世纪的苏西尼派（Socinians）和阿敏念派（Arminians）的学者，他们虽口讲无形的教会，但在实际上，乃完全忘却何谓无形的教会。前者以为基督教乃仅一种可接纳的道理。而后者则把教会作为一个有形的团体，除了传扬福音以及训勉会友以外，则把教会的权柄让给国家。此外还有拉巴第派（Labadists）和敬虔派（Pietists）则适得其反，他们且有漠视有形教会之势，对于那些良莠不齐兼做社会事业的教会，不放在眼中，而希望在秘密集会（Conventicles）中得到灵性的造就。
??? 2．改教运动以后——当十八世纪理性主义猖獗，一般人受了各种世俗学说的影响。不能了悟超自然的道理。由于启蒙运动以后，所谓经验主义的科学的人生观和宇宙观之一勃兴，这种思想，经过了休谟、康德、达尔文学说的影响，便日形加强而发展。在这个时期以前，各种流行的人生观和宇宙观，还带有超自然的特质；然而经验主义的所谓科学的人生观和宇宙观，便根本异趣，乃是彻头彻尾的自然主义的，他们丢弃了任何超自然的因素，一味遵照那呆板不变的自然力和自然法来机械地解释整个宇宙现象，以及人类的宗教和道德问题，从而撇弃一切超自然的道理，因此便敌挡基督圣道。这对于教会论也发生极大的影响。一方面对信仰问题，漠不关心；一方面对于教会，缺乏热忱。因此他们把教会和其他人类社会等量齐观。监理会（methodism或称衡理公会，美以美会）虽曾起而反对理性主义，但是他们对于教会论未作任何贡献。他们虽一方面谴责教会，一方面却和教会相处无间。施莱玛赫（Schleiermacher）认为教会无非乃为信徒的集团，乃为同感一灵的信徒的身体。他不用有形的教会和无形的教会这些名称夹分别教会；他发现教会的精义，乃在基督圣徒团契的精神里面。上帝的灵愈是深入圣徒心灵里面，圣徒便愈不觉自己? 匾晃ㄎ叶雷穑袒峋陀倥杀鸬姆渍＠桦范≧itschl）不把教会分作有形的与无形的，而分为教会与天国；质言之，前者乃为有形的教会，无形教会乃为天国。他认为天国乃上帝子民的团体，行事为人，都以爱心为动机；教会乃为敬拜上帝的同一个团体。所以教会乃限于一种外形的组织，她唯一的任务，就是敬拜上帝，而这种任务的功能无非在使信徒彼此更为熟悉而亲密。这种教训，实乃远悖新约圣经的道理。其弊所及，便流为一种新派神学思想，使教会变成一种人为的机构，不复为上帝建立的制度，而成为社会服务的中心。