但是，哲學有真偽。哲學和科學不同。照史賓塞（H. Spencer）的說法，科學為部分的系統知識，而哲學則為整全的系統知識。宇宙萬象，絕不是獨立的，不是單獨為其本身而存在，而乃超越其本身，和整個宇宙及其他事物，有息息相通，不可分離的關系，並且須照創造宇宙萬物之造物主的旨意而存在。以是哲學家的任務，和科學家不同，當追溯宇宙萬物之根源和目的──那便是創造萬有的上帝。故真正的哲學，又必是基督教哲學，乃是以上帝為起點；而宇宙萬事，乃是以上帝為依歸的整體。因為萬物都是本于他，倚靠他，歸于他（羅一一36）。
于此，可知哲學真偽之判別，乃是決定于其起點與立場。古希臘物理學家，阿基米德（Archimedes，c. 250B. C.）嘗說︰「只要給我一個立場，我便能移轉乾坤。」（“Give me a fixed point， and I will move the earth．”）語雲︰「一失足成千古恨」。人類最大的悲劇，乃在始祖一念之差，隨從了魔鬼的哲學，以為摘取分別善惡樹的果子，便能「如上帝」，「有智慧」（創三4－6）。這乃是非基督教「內在哲學」 （ Immanent Philosophy）的根源。而基督教哲學的起點，乃在我們敬畏上帝的心靈深處。經雲︰「敬畏耶和華，是智慧的開端；認識至聖者，便是聰明。」（箴九10）「一生的果效，是由心發出。」（箴四23）我們和神的關系──敬愛他，還是悖逆他，乃是決于一心。始祖的犯罪，人類的墮落，乃在違犯上帝的誡命，相信魔鬼的宣傳；而我們得救重生，亦端賴聖靈使人心意更新，使人心轉離悖逆上帝的道路，皈向基督，與神和好，與神性有分。人心不能中立，它若悖逆不信，便不能重生更新。我們若不決心皈依救主，作新的被揀選的族類，屬上帝的子民，必沉淪于舊的滅亡的世界。故基督教哲學的起點，乃在一個悔改皈依，而重生更新的心。唯有這個心，才能接受上帝在基督裡的啟示。反之，非基督教的「 內在哲學」的起點，乃是在一個背道不信的心，它乃無分于神性，無分于基督，對于上帝的啟示，福音的真道，蔑視厭棄，深閉固拒；而唯「神化自我」，在被造物中找尋安息，自我陶醉。「他們雖然知道上帝，卻不當作上帝榮耀他，也不感謝他。他們的思念變為虛妄，無知的心就昏暗了。自稱為聰明，反成了愚拙。」（羅一21一22）非基督教哲學，雖有各種不同的學派；但它們都是建立在歪曲的宇宙觀上，神化被造的現象，甚至否認宇宙和上帝的關系；以是根本不能認識造化的本源，窺測真理的整全。他們的起點，既不在上帝和基督；他們的目標，乃在求人的榮耀和主權。特別自文藝複興運動，和啟蒙運動以后，他們迷信理性，謂人乃有其「無限之完全性」（Infinite Perfectibility）；又複崇拜科學，以為人定勝天，可以主宰世界。此種離神背道的思想，遂使人類文化，成為無根之木，「瓶中之花」，降及今日，遂呈沒落解體，分崩離折之險象，複使人類面臨空前未有之危機。此非吾人之苛論，即非基督教的學者，如十八世紀的盧梭（Jean Jacques Rousseau），早已有先見之明，為文痛詆。甚至一生反對宗教，迷信科學的簫伯納（Bernard Shaw），亦承認科學破產，正在導演人類自殺的悲劇。
夫本立而道生；失諸毫厘，謬以千裡。非基督教的「內在哲學」之起點與立場，既在人而不在神；不信「敬畏耶和華，是智慧（哲學）的開端」；自不能超越凡俗的境界。它要自立「人極」，以「人為萬事的尺度」；它所從人找到的亮光，不是真光，乃是假光，自不能對宇宙人生問題，作正確究極的解答；它妄想「神化被造物」，卻不能認識造物主。由是可見「內在哲學」和基督教哲學，起點既各不同，本質亦複異趣，兩者根本沒有妥協合流的餘地。征諸史實，自來所有這種妥協合流的企圖，非但無益，而且有害。例如，在初期教會，便有游斯丁（Justin Martyr），想和斯多噶派（Stoics）妥協；后來俄利根（Origen）、居伯良（Cyprian）又想和新柏拉圖派調和。到了中世紀時代，這種合流的企圖，益趨強化，經院學派，想謀天啟和人智的調和，要用哲學的理論，証明教會的信仰和人間的悟性，並不沖突，這乃助長了后來人文主義的氣焰。到了改教運動，始把基督教哲學和「內在哲學」的界線，加以劃分。前者乃本諸神的啟示，以聖道為圭臬；后者乃出自人的經驗，以理性為權威；二者不能有妥協的可能。馬丁路德，乃襲渥肯（William Occam）之說，僅就「自然」（Nature）與「恩典」（Grace），理性與信仰，加以判別，尚未徹底。? [爾文則強調主耶穌有統馭萬事的權能，他的旨意，乃掌管人類全面的生活與思想；複以聖經為神的道，人類科學思想，當完全以聖經為基準，這才奠定了基督教哲學的根基。不幸，到了笛卡兒──所謂近代哲學之父，他乃崇尚理性，菲薄神學；力排傳統的舊說，謂一切學問，起自懷疑；真正知識，須從自我理性中求之；人乃主權者，須擺脫神學思想的束縛。以后號稱新神學鼻祖的施萊馬赫（Friedrich Ernst Daniel Schleiermacher）又想証明真正科學哲學的道理，可與基督教神學和真正宗教，互相協調，並行不悖。但結果他那一套牽強附會的理論，卻遭到當時德國學者一致的攻擊。一方面，正統派神學家攻擊施氏妄以哲學取代基督教的真理。一方面，哲學家也譏諷他既不忠于哲學，也不忠于他的宗教。甚至敬仰他的史脫勞司氏（D. F. Strauss），也攻擊施氏，說他初則把哲學出賣給神學，繼則把神學出賣給哲學。可惜今之新派學者，不知引為鑒戒，仍蹈施氏覆轍，且複變本加厲，自喪信守，自毀立場，不惜使基督聖道和凡俗宗教哲學乃至異端邪說相妥協，美其名曰適應時代的需要。