由于唯物哲學以及自然主義的猖獗，靈魂不朽說，乃受到打擊。他們以為心靈沒有獨立的，實質的，真正的存在。自啟蒙運動以后，由于所謂經驗主義的科學的人生觀之勃興；這種思想，先后經過了休謨、康德、達爾文等學說的影響，便加強發展，一味遵照呆板的自然法，來機械地解釋整個宇宙現象，以及人類的宗教、道德、心靈問題。我國首領，中了這種思想之毒，從而不信靈魂不朽之說。例如黨國元老吳稚暉先生，當時新文化運動的首領胡適之尊他為人生觀大論戰戰線上的「押陣大將」，和領導「科學的人生觀」的先鋒。吳氏說︰「人便是外面只剩兩只腳，卻得到了兩只手，內面有三斤二兩腦髓，五千零四十八根腦筋，比較只有多額神經系質的動物……。人只有質力，一切情感、思想、意志，都不過是質力的反應；僅勉強美其名曰心理，神其事曰靈魂。」所以他主張，「那種駭得煞人的顯赫的名詞，上帝阿﹗神阿﹗還是取消了好……開除了上帝的名額﹗放逐了精神元素的靈魂﹗」其次乃為新文化運動首領，中央研究院院長胡適之先生，在他所著的《胡適文選自序──介紹我自己的思想》中說︰「我不信靈魂不朽之說，也不信天堂地獄之說。」「故我說，我這個小我，會死滅的。死滅是一切生物的普遍現象，不足怕，也不足惜。」「生命本身 ，不過是一件生物學的事實，有什么意義可說，生一個人，與生一只狗、一只貓，有什么分別？」吳、胡二氏，都是望重一時，他們都否認靈魂與靈魂不朽說，乃是因為中了近代唯物哲學之毒，而他們的言論乃大大影響了國人的思想，為唯物共黨鋪路。
許多學者，不信靈魂不朽，異想天開，張冠李戴，加以曲解。國人常以「立德」、「立言」、「立功」，視為「三不朽」，藉以自慰自豪。近人也倡所謂「種族不朽說」、「聲望不朽說」以及「感力不朽說」，拿來取代靈魂不朽說。經雲︰「有一條路人以為正，至終成為死亡之路﹗」（箴一四12，一六25）他們這樣的自高自大，自負自義，自我陶醉，乃等于畫餅充飢，不能取代「永生之道」，不信之人的結局，照主耶穌所說，乃與信徒不同，乃是「複活定罪」（約五24）。「若有人名字沒有記在生命冊上的，就被扔在火湖裡」，「就是第二次的死」，乃是永死，不是永生（參啟二○11一15，二一8）。
茲將上述三種曲解靈魂不朽說的謬見分論如次。
1．種族不朽說──這一派的人自我陶醉，以為他雖要離開世界，但是他的后裔，子子孫孫要繼續傳種接代；他既生了他們，便是他的貢獻，有分于他后代的生命，那就要藉著他們，永永遠遠一同活下去。但是這種要藉著他子孫一同活下去的痴心妄想，絲毫不能取代個人靈魂不朽說；且複完全違反聖經的教訓，而事實上他的子孫也要死亡，不能救他脫離滅亡的命運，得到不朽的靈魂、永遠的生命，而乃要同歸于盡﹗
2．聲望不朽說──照實証主義（Positivism）的說法，此乃唯一人當渴望追求的不朽之道。但是這種主觀的想望，不但完全不合聖經的道理，而且在事實上縱使能自勉自勵，博得一時的聲望，甚至建立豐功偉業，可是古人詠嘆說︰「固一世之雄也，而今安在哉？﹗」雖或他們的名字，記在歷史裡面，即或誠如其言，能夠「留芳百世」，但仍不免被人遺忘。所羅門王很感慨的說︰「已過的世代，無人記念；將來的世代，后來的人也不記念。我傳道者雖在耶路撒冷作過以色列的王。我專心用智慧尋求查究天下所作的一切事，乃知上帝叫世人所經練的，是極重的勞苦。我見日光之下所作的一切事，都是虛空，都是捕風。」（傳一11一14）尤有進者，世人更應驚覺，照聖經所說︰「若有人名字沒記在生命冊上的，就被扔在火湖裡。」（啟二○11一15）則他的聲望名譽，實無補于他的永遠沉淪，豈不哀哉﹗
3．感力不朽說──此與上述的「聲望不朽說」乃有很密切的關系。但是所謂感力，不能一概而論，胥視其所作所為的動機是否為主而作。使徒保羅、奧古斯丁、路德、加爾文，以及許許多多忠心的主仆，不但冒險犯難，堅苦卓絕，甚至為道殉難，視死如歸，自足彪炳千秋。但是歷史上有許多所謂偉大的人物，轟轟烈烈、威震八方、氣蓋萬世；其所作為，卻乃禍國殃民，誤盡蒼生，民怨沸騰，恨不得寢其皮而食其肉，成為千古的罪人。所以「感力不朽說」和「靈魂不朽」絕不能混為一談，更不能取代「靈魂不朽說」。此說既與上述的「聲望不朽說」有密切的關系，則上文批判此說的理由，乃都可援引，故不複贅。
現在唯物論的宇宙觀，已被學者所駁斥，而代以屬靈的宇宙觀。美國心理學家詹姆士（William James）說，傳統的公式，以為思想乃是腦髓的功能，這種科學家的結論，乃是根據一種錯覺而來，照這種公式，就以為腦的功能乃是產生的（Productive），而不知也是傳達的（Transmissive）。腦髓可能僅僅傳達的，正如顏色眼鏡、分光鏡、折射鏡能夠傳達光，也能決定顏色與方向那樣。又如光可離眼鏡和透視鏡等而獨立，思想也可離腦髓而獨立。因此詹氏說，如果誤以思想為腦髓的功能，不信不朽之說；但倘能知思想乃可離腦髓而獨立，便能相信靈魂之不朽。現在有些進化論者，根據他們適者生存的道理，也相信不朽說。還有些著名的科學家如上述之詹姆士，還有洛奇爵士（Sir Oliver Lodge）、希斯洛（James H. Hyslop）都很重視人死后的問題，且都信靈魂不朽；尤以洛奇爵士，乃為虔誠信徒，嘗于一九一○年著《理性與信仰》（Reason & Belief）一書。在其去世前十年，本其多年對于心靈的研究，力倡死后靈魂不朽之說，發表三部著作︰一為《生與死》（Life & Death）；二為《科學與永生》，（Science & Immortality）；三為《我為什么相信永生》（Why I Believe in Personal Immortality），引起了學術界極大的注意。洛氏深信靈魂不朽乃為千真萬確的事實，曾撰「靈魂不朽之科學論証」一文。美國杜克大學（Duke University）在萊應博士（Dr. J. B. Rhine）領導之下，經過三百多萬次測驗，具體証明，人類靈命，超越時空，乃是不朽的﹗